宋元祐二年（1087年），泉州设立市舶司，嗣后又设来远驿，以接待贡使和外商。为鼓励海外交通贸易，宋代的泉州市舶司和地方官员，每当海舶入港或出航的季节，特为中外商人举行“祈风”或“祭海”活动，以祝海舶顺风安全行驶。

元朝时期，泉州港得到了进一步的发展，有贸易关系的国家和地区增至近百个，其贸易范围仍以通西洋为主，相对稳定的航线大抵与宋相仿。当时泉州港是国际重要的贸易港，也是中外各种商品的主要集散地之一。经泉州港进口的香料有58种，宝货珍玩12种，工业原料27种，纺织品19种，金属物9种，器用品6种，副食品7种。经泉州出口的丝绸织品54种，陶瓷器41种，金属、杂货和药物63种，远销到64个国家和地区。

元末至正十七年到二十六年（1357-1366年），泉州发生一起持续十年之久的战乱，史称亦思巴奚战乱，或“亦思法杭兵乱”。《八闽通志·至正近记》和《福建通志·元外纪》记载尤详。这场战乱，不仅重创了泉州、兴化一带的社会经济，更导致当时世界最大港口泉州盛极一时的海外贸易大幅衰落，泉州海外交通中心地位的打击更为严重，泉州海外交通从此走向衰落。

进入明朝时期，泉州的社会经济进一步发展，但由于明政府施行了严厉的“海禁”，限制泉州港只通琉球，使泉州港对外贸易受到极大限制。成化十年（1474年）市舶司移设福州，泉州的来远驿也随同市舶司废置，标志着泉州港外贸地位的下降。清代，在清初战争和海禁、迁界的影响下，泉州的社会经济遭到严重破坏，港口的繁华已烟消雾散。

1949年后，由于海峡两岸的对峙和紧张的军事形势，泉州港于1957年关闭。

1957年以后，国家投入大量资金对泉州港基础设施进行建设，在内港、后渚等作业区陆续开展码头建设，结束了泉州港没有正规码头的历史。

中共十一届三中全会以后，泉州在原有基础上重建港口。

1980年，泉州港务管理局成立。

1983年1月1日，泉州港正式恢复对外籍船舶开放，被中华人民共和国国务院批准为全国24个对外开放港口之一。

1997年7月，泉州港后渚作业区2个5000吨级集装箱码头泊位建成投入使用，标志着泉州港集装箱业务发展步入了一个崭新阶段；9月30日，泉州第一座5000吨级集装箱码头（2个泊位）在后渚港建成并投入试运营，首泊巴拿马籍“苏悦”轮载运74个标准箱直航日本。

1998年12月，泉州港围头作业区万吨级闽台贸易码头正式经营集装箱装卸业务，成为泉州港首个万吨级集装箱码头。

2004年4月，泉州港石湖作业区3#泊位建成投产，标志着泉州港开始拥有10万吨级集装箱泊位。

2001至2005年，“十五”期间，泉州港航建设投入9.4亿元，其中大部分投入到万吨级以上深水泊位。

2011年，泉州港石湖作业区4#10万吨级泊位、围头作业区2#10万吨级泊位建成，泉州港10万吨级集装箱泊位增至3个。

2012年4月1日起，福建省行政区划内原湄洲湾港的四个港区、泉州港的三个港区以及莆田港的兴化湾港区，合并组成湄洲湾港。原泉州市港口管理局、莆田市港口管理局及其相关机构相应并入福建省湄洲湾港口管理局。

2023年5月23日，泉州港石湖作业区货运站首次完成高岭土5个20尺集装箱外贸出口场装业务，“散改集”延伸业务取得新突破。12月，泉州港石井作业区11－12号泊位工程开工建设。

2024年3月1日，福建省人民政府同意启用泉州港口岸肖厝港区鲤鱼尾作业区4号泊位。

2024年3月23日，泉州港里载运2.35万吨阿联酋产石油液化气的中国香港籍货轮“宁波”轮顺利卸货，填补了此前福建省无公用液化烃类专用泊位的空白。

2024年8月8日消息，随着“泰晟57”轮缓缓驶离泉州石湖港，标志着“泉州—洋浦”内外贸同船运输新航线正式开通运营。

泉州港，位于中国东南沿海、福建省泉州市，海岸线长达421千米。泉州港辖有四湾5个港区16个作业区，即：湄洲湾西岸肖厝港区和南岸斗尾港区；泉州湾东北面的崇武港及泉州湾港区秀涂港、蚶江港、石湖港、内港港、后渚港、华锦港；深沪湾港区的祥芝港、永宁港、深沪港；围头湾港区围头湾的围头港、水头港、金井港、东石港、安海港、石井港等。

经济腹地：泉州港口经济腹地为泉州市鲤城区、德化县、永春县、安溪县、南安市、晋江市和惠安县，以及石狮市。漳泉铁路建成后，泉州港口经济腹地将延伸至闽西及赣南一带。

泉州湾：位于台湾海峡西岸，闽中沿海崇武城与祥芝角之间，后渚港为泉州港最大港区，位于晋江下游和洛阳汇流入海口处，岸线长18千米，水域面积为25万亩。

湄洲湾：位于崇武城的西北方，莆田惠安两县交界处，肖厝港位于湄洲湾南侧，港区深水岸线长21.5千米。

围头湾：介于围头角、安海港和金门岛之间。石井港位于南安县石井镇境内，港区岸线长1千米。安海港位于晋江市安平桥，东石港位于晋江市东石镇，水头港位于南安市水头镇西北面。

深沪湾：位于闽中东南沿海，有梅林港和深沪港。

泉州港强风向东北，常风向东北东，冬季以东北风为主，夏季以西南风为主，台风一般出现在7至9月。

泉州港年平均降水1202毫米，春、夏为雨季。

泉州港年平均雾日数6.8天，1至5月雾较多，雾的持续时间不长，对船舶航行影响不大。

泉州港年平均气温20.7摄氏度，7月最高，月平均28.6摄氏度，1、2月最低，两月平均12.1摄氏度。

泉州港属正规半日潮，平均高潮位4.83米，低潮位0.31米，平均潮差4.52米；最大潮差6.3米，最小潮差5.1米。

泉州湾口为逆时针回旋流。大乍至崇武沿岸一般为东流，流速约1.54米/秒，湾内逐渐变成往复流。湾内潮流一般是顺深水水道流动，主流经小坠岛与祥芝角之间。湾口至秀涂，大潮潮流流速为1.63至2.21米/秒。

截至2015年5月，泉州港已建成投产的码头泊位91个，其中万吨级以上码头泊位25个。

据2019年12月泉州港官网显示，泉州港拥有仓库总库容量为38725平方米、油库25座、总容量为811350立方米、堆场338000平方米。

截至1995年，泉州港有各种起重机械及重要设备70多台。

截至2018年8月，泉州港的控制系统采用先进稳定的安川电控系统，设备配置了起重机管理系统CMS和RCMS，可以实时远程监控各机构的运行状态，并保存相关运行记录，方便故障的排查及日常的保养。另外，设备还配备了集卡定位系统（CPS）、智能滑润系统及防雷击保护系统等。

据2019年12月福建省泉州港口发展中心显示，泉州港主要从“海丝”沿线国家进口荒料石、化工原料、食品、椰壳炭等货物，向“海丝”沿线国家出口轻工原材料、服装及周边制品等货物。

据2019年12月福建省泉州港口发展中心显示，泉州港与印度、印度尼西亚、菲律宾、越南、泰国、马来西亚等“海丝”沿线国家通航，拥有6条“海丝”集装箱班轮航线和若干条“海丝”大宗散货航线。泉州港港口集装箱航线108条，其中外贸线30条，与中国香港、中国台湾、菲律宾等地区和国家通航；内贸线78条，航线辐射中国国内各主要港口。

1997年，泉州港港口吞吐量首次突破1000万吨大关。

1999年，泉州港港口吞吐量1521.19万吨，集装箱8.14万标箱，输送量首次超过福州港。

2001年，泉州港港口吞吐量达到2106万吨，居全国沿海港口第16位，集装箱23.58万标箱。

2003年，泉州港港口吞吐量达到2511万吨，比增18.3%。集装箱41万标箱，比增50.2%。

2004年，泉州港港口吞吐量达3093万吨，居全国沿海港口第18位，集装箱完成54.2万TEU。

2011年，泉州港港口吞吐量达到9330.48万吨，比增10.4%。集装箱156.86万标箱，比增14.5%。

2012年，泉州港港口货物吞吐量累计完成10372万吨，同比增长11.2%。

2013年，泉州港港口货物吞吐量10800万吨，集装箱吞吐量超170万标箱。

2014年，泉州港港口货物吞吐量累计完成11201万吨，集装箱吞吐量完成188万标箱。

2016年，泉州港辖区港口货物吞吐量与去年同期基本持平，完成7512.28万吨；集装箱吞吐量情况完成206.49万TEU，同比增长3.72%，其中外贸集装箱吞吐量完成12.08万TEU，同比增长33.26%。

2018年，泉州港口货物吞吐量突破1.28亿吨，比1949年的5万吨增长2560倍。

2013年6月1日，《千年古港泉州》原创手绘闽南文化明信片首发仪式在泉州西湖邮局举行，泉州市委宣传部、泉州市旅游局和泉州市邮政局等单位领导共同为明信片首发揭幕。

2018年1月19日，福建省交通运输厅会同福建省发展和改革委员会组织召开《泉州港总体规划（修订）》评审会，听取编制单位关于《规划》主要成果以及吸纳征求意见情况的汇报。省直有关单位及泉州市有关单位代表及特邀专家参加会议。会议认为《规划》成果基本符合港口总规编制要求，原则同意《规划》对泉州港的功能定位及“1港3区6作业区”的总体布局。规划期内，泉州港将重点推进泉州湾港区石湖、锦尚作业区公共码头建设，形成规模化集装箱作业区；加快开发围头湾港区石井作业区，服务于地方石材、粮食等产业布局发展和对台直航运输，最终将泉州港建设成为“21世纪海上丝绸之路”的战略支点和福建省综合运输体系的重要枢纽。

2012年9月25日，在北京钓鱼台国宾馆举行的“中国质量发展论坛”上，原中华人民共和国国家质量监督检验检疫总局授予泉州港为中国“首批54个世界卫生组织口岸核心能力达标口岸”之一。

由于泉州港是泉州华侨出国的一个主要港口，因而泉州港在海上丝绸之路具有重要的历史地位。（时任华侨大学华侨华人研究所教师李天赐 评）

泉州港口岸围头湾港区围头作业区2#泊位建设的5万吨级泊位，其对外开放对提升泉州市对外开放水平，进一步做大外贸集装箱业务，具有重要的现实意义。（福建省商务厅 评）

2022年5月，装载近4000件花岗岩石制品的“博威”轮鸣笛起航，标志着泉州港深沪港区顺利完成新货种“花岗岩石制品”的装船作业任务，该航次为“泉州深沪－鹿特丹－汉堡”，不仅是深沪港区的新增货种，也是开港以来首次新增欧洲航线。该批货物将直航出口欧洲，分别卸载至荷兰和德国。

2024年3月23日，载运约2万吨液化丙烷的中国香港籍“宁波”轮顺利靠泊泉州港肖厝港区鲤鱼尾作业区4#泊位，这是自2月23日该泊位通过口岸对外开放省级验收后，迎来的首艘国际航行船舶，标志着福建省首个公用液化烃类码头正式对外开放并投入使用。