从室町时代开始，政治稳定的丰后国就是大友家的领地，进入战国时代后，大友家的统治进一步巩固。周围国人臣从，国内情势相对安定。不必担心国内的叛乱，进入大友宗麟统治的时期，可以专注于对外侵略，特别是与中国大内氏争夺在北九州的霸权。1551年，大内义隆因重臣陶晴贤的反叛而被迫自杀，宗麟送自己的弟弟义长继承大内家家督，以长门为根据地扩大势力。后陶晴贤和大内义长分别被逐渐强大的毛利元就所消灭，元就继承了大内家的原有领地，并与大友家争夺在北九州的权力。元就联合反大友的势力，与大友家对抗。1573年，宗麟将家督之位让给了儿子大友义统，而自己仍然掌握实权，但家臣团却分为了宗麟和义统两派。在随后的1578年，宗麟不顾重臣们的反对强行出兵日向，并在耳川合战中大败于岛津氏，大友氏走向衰退。而岛津氏不断蚕食着大友家的领地，并收服着原本从属于大友家的国人们。1586年，宗麟不得已向已经掌握了中央政权的丰臣秀吉求援。秀吉以此为契机，开始九州征伐，虽然岛津军在户次川合战中大胜，但最终不得不投降于丰臣家。宗麟次年病死，大友义统获得了丰后一国的安堵。1593年的文禄之役中，大友义统不顾友军小西行长而擅自离开战场，后被责问，并被没收了领地，成为了秀吉的直辖地，在当地配以马回。关原合战后，细川忠兴获得了丰前39万石的领地，后细川家被转封到了肥后，丰后存续了日出、府内等藩。