通常情况下其底物是由肽键连接的两个氨基酸残基所组成的二肽化合物，并要求两两相邻氨基酸残基上的α-氨基和α-羧基同时存在。二肽酶在体内通常由肠黏膜细胞中产生并可分泌于胞外，把二肽水解为游离的氨基酸后，由肠壁吸收进入血液到达肝脏。