以总国一揆为组织的独立性的伊贺国，在织田信长称霸畿内后，便成为了其眼中钉。终于在1578年至79年间，信长给次子织田信雄下达了讨伐伊贺的命令。但面对国土全部堡垒化、全民皆兵的伊贺国时，织田军的第一次伊贺侵略，在付出极大的代价后失败了。对此信长大为恼怒，在1581年再次出动大军，从四面八方入侵伊贺。织田信雄、泷川一益、蒲生氏乡等入侵甲贺口；堀秀政入侵信乐口；筒井顺庆及其大和众入侵大和口；织田信包由伊势入侵加太口。此次战役彻底终结了伊贺众的抵抗，伊贺全境几成焦土，国人大多战死，逃往国外者被逮捕后也遭到杀害。只有一部分逃往德川家康处的国人被收编，为将来发展的伊贺同心众奠定了基础，此后同心众一直作为德川家的特务部队，发挥着巨大作用。本能寺事变时，伊贺众帮助家康通过伊贺。贱岳之战时，部分伊贺残党联结柴田胜家企图重新恢复失地，袭击了筒井顺庆在伊贺设置的据点。但随着柴田的失败，收复失地的愿望最终成为泡影。之后当上天下人的丰臣秀吉令顺庆之养子定次筑上野城入主国内，关原合战后，筒井定次安堵本领。但好景不长，1608年定次被除封，富田信高移封至此。