抗日战争和解放战争时期，匡亚明历任中共中央社会部政治研究室副主任、华东局宣传部副部长兼中共中央华东局机关报《大众日报》社长、总编辑等职、中共中央山东分局宣传部长兼政策研究室主任。全面抗战期间，匡亚明在中共中央情报部任职，对国内外、敌我友情况开展了大量调查研究工作，为党中央决策提供了重要参考。他在《解放日报》上发表的《论调查研究工作的性质和作用》一文，提出调查研究是决定革命行动的依据，得到毛泽东同志高度肯定，被指定为延安整风的学习材料之一。

新中国成立后，匡亚明历任华东政治研究院党委书记兼院长、中共华东局宣传部常务副部长等职。

1955年至1963年任东北人民大学（后更名为吉林大学）常务书记兼校长。

1963年起，担任南京大学党委书记兼校长。“文革”中备受迫害。

1978年，复出，担任南京大学党委书记兼校长。

1982年，担任南京大学名誉校长。

1991年，被任命为国家古籍整理出版规划小组组长。

1996年12月16日，在南京逝世，享年91岁。

2006年3月28日，南京大学纪念匡亚明校长诞辰100周年座谈会暨匡亚明学院揭牌仪式在知行楼一楼报告厅举行，洪银兴对座谈会作了总结发言，他从五个方面概括了匡亚明教育思想，一是立足中国高等教育发展的全局，率先向党和国家领导建言，提出创设一批重点大学的构想；二是尊重知识、尊重人才，坚持依靠教师和教授办学的思路；三是建设优良的学风和校风，为一流大学的建设和高等教育的现代化提供重要的精神保证；四是积极改善办学条件，始终坚持勤俭办学；五是大力促进国际学术交流与合作。

匡亚明主张对大学生既要用主要时间加强基础课教学，使学生切实掌握专业的基本理论、基本知识和基本技能，又要着力培养学生的独立钻研和创新能力。他提倡安排教授和有教学经验的讲师为大学生开基础课，提倡讲究教学法，开展公开观摩教学，提高教学效果。

匡亚明率先在南京大学开设“大学语文”必修课，成为提高学生文化素质，陶冶高尚情操，增强阅读能力的重要环节，并在全国许多高校得到推广。

匡亚明鼓励大学生创造性地学习，实行学分制，建立优秀生、优秀班级和学生的优秀科研成果奖励制度，提倡培养重点尖子生。这些举措在校内收到良好的效果。

在吉林大学和南京大学期间，匡亚明冲破旧束缚，注重传统文化教育，努力探索社会主义大学的办学规律，形成了具有鲜明特色的办学主张。他认为中国的高等学校应该根据不同的基础和条件发展自己的特色。至于重点的综合大学，要像抓重点经济建设项目那样抓重点大学建设。他强调要把我国的重点大学办成教学中心、科研中心和文化学术活动中心，从而更好地为国家培养高水平的专业人才提供研究成果和教育经验。

匡亚明对当代中国的高等教育事业有重要贡献，做出了许多开创性的工作，是吉林大学的重要奠基人，并曾两度出任南京大学校长，期间冲破旧束缚，延揽名师，注重传统文化教育，是新时期中国高等教育界的代表性人物。

匡亚明是中国著名的教育家、中国思想史专家。他长期从事党的宣传、理论、教育工作，在马克思主义理论研究、中国传统文化研究、高等教育理论研究与实践中，建树卓越。他是吉林大学的重要奠基人之一，并两度出任南京大学校长。在他领导下的吉林大学和南京大学，无论是在学校的专业设置和学科建设，还是在人才引进和人才培养方面；无论是在教师队伍的管理，还是在校风建设方面；无论是在教学科研，还是在行政管理方面都取得了巨大成就。

对于隐蔽战线，匡亚明曾这样说：“在革命生涯中，心中抱定信仰，无怨、无悔，这就是一个共产党员的担当。”

南京大学匡亚明学院

2006年3月，在南京大学原校长匡亚明诞辰100周年之际，南京大学决定将基础学科教育学院(Department for Intensive instruction of Science and Arts)命名为匡亚明学院(Kuang Yaming Honors School)。

吉林大学匡亚明楼

为缅怀匡亚明先生对吉林大学建设和发展作出的卓越贡献，吉林大学匡亚明塑像暨匡亚明楼揭幕仪式于2010年6月12日在中心校区新建成的匡亚明楼（文科实验楼）前隆重举行。