管领以下，设有政所、问注所、侍所三个机构。政所在镰仓幕府时代是掌管行政的重要机关，在室町幕府时代，它的职权大大缩小，仅限于管理幕府的财政税收及诉讼等事务。

问注所本来是幕府的司法机关，因诉讼裁判权移归政所，它就形同虚设了。侍所是幕府的军事机关，它的首长称为所司，由赤松、山名、一色、京极四家组任，合称“四职家”。它和“三管领”合在一起，就构成了室町幕府的领导核心。“三管领”和“四职家”，都是最有势力的守护大名。