《国民日日报》于《苏报》被封后一个月的清光绪二十九年六月十五日（1903年8月7日）创刊，由《苏报》原来的主笔章士钊主编。参加编撰的还有张继、何靡施、陈去病及苏子毂（苏曼殊）、金天翮、高旭、刘师培、柳亚子、陈独秀（当时名陈由已）等。江西谢小石出资，在英国驻沪领事馆注册。

该报用黄帝纪元，不奉清皇朝正朔，现存的第二号在报端上标明“黄帝纪元四千三百九十四年癸卯六月十六日，西历一千九百零三年八月八日，第二号”。当时《苏报》案交涉引渡人犯事已陷入僵局，而一星期以前北京又发生沈荩被杖毙事件。《国民日日报》刊载的消息和议论特别翔实，包括案件的发生、经过、审理情况，中外交涉，各国态度，以及对沈荩和“苏报案”中心人物章太炎、邹容的回忆和纪念的诗文、轶闻琐事等等，仅就《国民日日报》汇编本统计，有关“荩案”的达30余篇，有关“《苏报》案”的近70篇，还刊出章炳麟在狱中所写诗文。《国民日日报》也与后期的《苏报》一样，比较注意各地学潮的报道，特辟《学风》一栏。在鼓吹反满革命方面，吸取《苏报》案教训，不再有指名道姓直挞清廷的文字，但还是直言抨击封建专制，对于“满洲之失”，则揭露清廷“漠视国土，偷安旦夕；国民义愤，目为叛逆；友邦忠告，弃若弁髦。甚至遣内监以交欢俄使，受五百万金，密卖满洲之事”。该报编排及取材，较《苏报》更为新颖，发行未久即风行一时，时人盛称为《苏报》第二。它在《政海》栏中所刊题为《德国之社会民主党》一文中，有“说民主党向奉马枯士之革命的共产主义以为圭臬”之句，这是上海出版的中文报刊中，最早出现马克思（马枯士）名字和“共产主义”这个新名词。连横（文徵）为《国民日日报》编辑副刊，苏子毂翻译了雨果小说《悲惨世界》。