公元1331年，后醍醐天皇再次计划讨伐幕府。虽然这次计划又一次失败，但以楠木正成为首的各地豪族纷纷响应这个“讨伐幕府”的号召。幕府派来镇压的讨伐军的大将足利尊氏和有力御家人新田义贞反戈一击，镰仓幕府因此灭亡。镰仓幕府灭亡后，建立了建武新政权，但建武政权的政策不符合武士阶级的利益。武家名门清和源氏出身的足利尊氏举兵反叛建武政府，赖贞加入了尊氏方。尊氏进入京都，后醍醐天皇逃到吉野后，进入了日本的南北朝时期。赖贞因为追随尊氏转战各地，为建立新的武家政权立下功勋，而于尊氏开设幕府时被任命为美浓守护。这是土岐氏成为守护大名的开始。

继承赖贞守护之职二代守护是其子赖远。赖远任守护时，把美浓国的本处移到了东美浓土岐郡的长森。赖远生活的时代，是连续六十多年战乱不绝的南北朝时代，他在这个时代中是一名战功卓著，威名赫赫的武将。公元1138年，赖远作为北朝方的武将在美浓迎击前来支援南朝方的北畠显家军。赖远军数次使人数超过己方的对手陷入苦战，最后仅以数骑退走。象这样以己方的巨大牺牲来消耗敌人的战斗力使北朝的其他武将不得不叹服。因此追随尊氏助其建立幕府的土岐氏成为北朝的一支重要军事力量。赖远另一个出名之处是有一次他在路上遇见光严上皇的车队。他不但不下马行礼，而且还用弓箭射了上皇的牛车。结果赖远因此被幕府处以死刑。

赖远虽然被处刑了，但土岐氏并没有受到影响。美浓守护一职由赖远之侄赖康继承。就在赖康时代，土岐氏迎来了全盛期。在南北朝争乱的年代里，幕府为了和南朝势力战斗就必须依靠守护的军事力量。于是守护们在幕府与南朝的斗争中，强化了守护所拥有的权限。因此在守护中出现了兼任几国守护，拥有强大实力的守护大名。土岐氏正是他们中间的一个。由于赖康所率领的土岐军团的强大战斗力，因而被称为“桔梗一揆”。“桔梗”是土岐氏的家纹，而“一揆”则是为了一个目的而团结在一起的意思。这个“桔梗一揆”为了幕府，也为了土岐氏的发展而奋战，最终使得土岐康行成为兼任美浓，尾张，伊势三国守护的强大守护大名。这东海地方的三国是拥有浓尾平原的农业发达地区，丰富的山林资源以及可以通往东海道，东山道和东国的出海口伊势湾的重要军事要地。土岐氏名实相符的控制了这个地方。

经过六十年的持续战乱，室町幕府的三代将军足利义满实现了南北朝的统一，土岐氏也迎来了新的局面。继承赖康的是四代守护康行。在战乱已经结束，全国都归于室町幕府的统治之下时，占有具有战略意义的东海地区三国的土岐氏对幕府来说已经由辅翼变成了障碍。在之前对幕府来说是对抗南朝的重要力量的土岐氏，战斗结束后，就变成了对幕府统治的妨碍。于是将军义满开始了削弱土岐氏的行动。他首先利用土岐一族内部的矛盾，对康行进行了挑衅。康行果然中了计。一三三八年，土岐一族的内战在尾张黑田发生。义满借机派出了讨伐军，康行不得不与幕府军作战，并背上了叛乱之名。大概是黑田之战十个月后，土岐氏的最后据点小岛城被攻陷，康行投降，土岐氏实力大减。成为这个削弱有力守护大名政策对象的还有以防长为中心的大内氏和号称十一国守护的山名氏。他们和土岐氏一样是因为太过强大而被削弱的。

与幕府作战的土岐康行被剥夺了美浓，尾张，伊势三国的守护的职位。土岐氏因此险些就要被灭绝。据说解救了土岐氏的是僧人云溪支山。他是土岐氏出身的，论辈份是康行的叔父，他在受幕府庇护的相国寺中当法师。将军义满本来要灭绝土岐氏，在他的劝说下，义满同意不灭绝土岐氏，并允许他提出一个土岐氏的后继人选。就这样，土岐氏失去了以前兼任三国守护的强大实力，而勉强保住了家名。以西美浓的池田町作为本处的土岐池田氏的赖氏继任了美浓守护之职。但是摆在赖世面前的是美浓堆积如山的问题。

土岐康行之乱后，土岐氏虽然失去了往日的辉煌，但仍保持着美浓守护的势力和权威。但是与以前依靠亲族为主不同，土岐氏开始大量从美浓的其他家族起用家臣和守护代。这是由于在康行之乱中，家族的团结被幕府打破了的缘故。那个时代，守护往往住在京都的住宅里，那么就留守在国中的守护代就会负责国中的大小事物。因此守护代这个职位拥有很大的权力。当时作为美浓的守护代的是富岛氏和斋藤氏。五代守护赖世和六代守护赖益时，守护代是富岛氏。七代守护持益之后，斋藤氏开始兴起。两者为美浓国的霸权而争斗。最终在一四四四年的战斗中，斋藤氏战胜富岛氏成为唯一的守护代。就这样一直持续到战国为止，守护是土岐氏，守护代是斋藤氏的格局形成了。

斋藤氏就象从其苗字可以看出的那样是平安时期的藤原氏的后代。其祖先因为担任伊势神宫的斋宫寮头而以“斋藤”为苗字。一般认为美浓斋藤氏是镰仓时代斋藤亲赖担任担任美浓目代职务时开始，世世代代住在美浓的豪族。目代就是国司的代官，当国司到京城去的时候，就由目代负责本国事务。室町时代斋藤氏是幕府直属的奉公众，以美浓作为势力的基础，在中央和地方上都很活跃。

在应仁之乱稍早之前，美浓出现了守护的继承问题。当时的七代守护土岐持益早逝，没有留下后代，谁做接班人成为了一个问题。最后成赖以养子的身份成为了八代守护。关于他的出身说法不一。成赖继承土岐家时才十五岁，当时的守护代斋藤利永负起了辅佐之职。就在此时，京都的室町幕府内部权力斗争激化。一四六七年，应仁之乱开始了，由于东西两军的激战，京都化为一片废墟。应仁之乱刚开始时，斋藤妙椿继承斋藤利永作为守护代开始辅助守护土岐成赖统治美浓国。

斋藤妙椿本身是僧人出身，教养很好，文武双全，与当时的第一流文化人都有来往。他以美浓的军事力对周边各国都有影响力。应仁之乱时，有人记载：“东西军的胜败就决定于妙椿加入哪方”。一四七四年的东西军的和睦打算就是妙椿的意思。公元1477年，京都附近的战乱平息了，但这个战乱逐渐向地方上扩散。战国时代来临了。此时，日野富子之子义尚继任了将军，但成赖和妙椿却在这时陪同和义尚在将军继承权上对立的义视回到了美浓。妙椿的实力可想而知。当妙椿去世时，京都的人都庆幸道：“终于要迎来和平了吧！“。妙椿在京都和他国都没有得到好的评价，那么美浓的人们呢？他担任守护代期间成功地控制住了他国的侵略，美浓国内政治十分稳定。美浓的人们还是十分感谢他的。

公元1480年，妙椿去世后，为了争夺美浓国的实权，斋藤利藤和斋藤妙纯发生了争斗，史称“文明美浓之乱”。应仁之乱结束后将军义尚继位，与将军的对手义视一起回到美浓的妙椿的继承者妙纯的地位受到了将军所支持的利藤的威胁。可是妙纯由于拥有妙椿继承者的优势地位，因此继续与守护土岐成赖掌握着美浓的实权。那个年代，守护和国人利用手中的实力把朝廷，寺院的庄园转换成自己私有领地从而扩大自己实力的行为很普遍。对此，幕府为了维护自己的权威，持反对态度。其中南近江守护六角高赖对幕府的压力采取同样强硬的态度。于是一四八七年，将军义尚亲自进军南近江，讨伐高赖。对于将军进军近江，领近近江的美浓方面十分紧张，为此成赖和妙纯一起向东退却并布下阵势。另一方面，成赖之政房和斋藤利藤随从将军义尚参加了近江讨伐，从幕府的角度看来在国外的政房和斋藤利藤才是美浓的合法当权者。美浓的政权因此而分裂成为两个。将军义尚近江出征的目的之一，除了讨伐近江的六角氏以外，还有就是试图削弱美浓土岐氏和斋藤氏的势力。

将军义尚出阵近江三年后，病死在近江。义尚死后，待在美浓的足利义视之子义材上京，于一四九零年当上了将军。次年，义材因与义尚同样的原因出阵近江，讨伐六角高赖。美浓土岐成赖的次子作为六角高赖的继子与高赖一起行动，土岐成赖，斋藤妙纯和六角高赖结成了同盟。要成赖，妙纯加入到将军的六角讨伐军中是非常困难的选择，但是由于各地的大名纷纷参加到将军的部队中以表示自己毫无叛逆之意，基于同样原因二人解除了与高赖的同盟，加入了将军的讨伐军。将军义材的近江出征的结果虽然未能杀死六角高赖，但却是室町幕府对美浓平定政策的一次成功。公元1492年，将军义材返京。义尚，义材这两代将军的近江出阵所引起的美浓的局势紧张，也由这一刻消除了。

这一事态似乎得到了解决，但新的混乱又降临了美浓。将军义材近江讨伐结束后，同行的斋藤利藤回到了美浓。这个利藤作为美浓的实力派与妙椿的继承者妙纯处于对立关系。这个对立关系为美浓的内乱埋下了伏笔。正当利藤不甘于做妙纯的影子，立志打倒妙纯，夺取美浓实权的时候，出现了石丸利光这样一个人物。利光是从妙椿时代以来就侍奉斋藤家，并因为他的实绩而崛起的人物。利光利用上述的对立关系接近斋藤利藤，土岐成赖和其子元赖，成为了与土岐成赖之子政房，斋藤妙纯政权对立的势力的中心人物。一四九三年，土岐成赖，元赖，石丸利光和土岐政房，斋藤妙纯这两派之间的对立发展到了战争的地步。船田之乱开始。

公元1494年12月，接近了与斋藤妙纯对立的斋藤利藤，并取得土岐成赖及其子元赖的信任的石丸利光，谋划暗杀斋藤妙纯，但是失败了。利光本打算在自己的居城船田城聚集士兵，然后奇袭妙纯的居城加纳城。但这个信息被泄露给了妙纯方面。妙纯因此明白了利光的背叛。挖了壕沟积极备战的妙纯的居城加纳城的南边就是利光的船田城。后来两者的交战的荒田川东侧就是成赖的皮革手城。三座城非常的接近。妙纯和利光互相观察着对方，一四九五年七月，妙纯方先发制人，给利光方造成了损失。形势不利的利光放火烧了船田城后，偕同元赖退到墨俣(利藤的居城)，接着又跑到南近江的六角高赖处。一四九六年，得到六角高赖等周边各国军事支援的利光方图谋再次入国。由于当时美浓以外周边各国也存在争夺霸权的内部斗争，因此各国的相互对立的大名，国人按照各自的利害关系派来了援军，妙纯和利光的对立关系使事态复杂化了。在利光方到达美浓的途中，由于支持妙纯的北近江的京极政高的阻拦，无法从关原进入美浓。于是，利光方经伊势从尾张的津岛进入美浓，并北上进入了从皮革手城转移出来的成赖的居城城田寺城。妙纯方迅速的包围了城田寺城。在妙纯方的援军一个接一个的赶到后，妙纯方缩小了包围网。利光方拼死防御但还是失败了。最后利光和元赖自杀，持续了两年的战乱结束了。

公元1496年，夏天的船田之乱的城田寺合战结束后，美浓一国总算归于土岐政房和斋藤妙纯的统治下。那年的十二月，斋藤妙纯率军去支援北近江的京极政高攻打南近江的六角高赖时，遭遇奇袭。妙纯以下，以土岐，斋藤为首的美浓武将战死。刚刚迎来安定的美浓国又陷入了危机。妙纯死后，九代守护土岐政房对美浓的支配更加削弱。一五零九年政房筑福光城，并移居于此。美浓的中心从皮革手城迁到了长良川北岸。这里是连接东国和京都还有东山道的要冲，能有效地利用的当地的地势和长良川的水运。抛弃当时还十分昌盛的皮革手城，到福光修建了新城这个事实，说明美浓社会发生了什么事件。事实上美浓国内有一股反政房的势力。一五一二年，以斋藤彦四郎为首的反政房势力与政房对立并发生战斗。最后由于形势不利，彦四郎退往了尾张。政房的晚年由于两个儿子赖武，赖艺对守护之位的争夺，斋藤妙纯死后留下的守护代继承问题交织在一起，使得美浓国更加混乱。

政房两子赖武，赖艺对守护之位的争夺，守护斋藤氏意图夺回实权的多次战役，成了十六世纪初美浓的主要特色。在一五一二年被土岐政房打败退到尾张的斋藤彦四郎，继续谋划着复归美浓。另一方面，齐藤新四郎利良也开始与政房对立。一五一七年，土岐政房的军队和斋藤新四郎的军队发生了战斗。一五一八年，土岐氏再次和斋藤新四郎发生战斗，战败的新四郎和政房的长男赖武一起退到了越前的朝仓氏那里。而彦四郎则从尾张复归与政房的次男赖艺一起掌握政权。可是退到越前的赖武还在等待时机回到美浓掌权。在这种状况下，一五一九年，政房突然死去。赖武和新四郎在朝仓军的支援下进入美浓，赖武作为守护掌握了政权。此后赖武的政权维持了一段时间，可是好景不长。一五二五年，发生长井一揆，一揆军攻破了长良川北岸的守护本处，土岐氏和斋藤氏逃到了武艺川町汾阳寺一带避难。不久越前朝仓氏闻讯前来弛援，最终平定了一揆。汾阳寺离大桑城不远，而据江户时代的书记载，大桑城主就是土岐赖艺，赖武没去大桑而躲在这也是有原因的。汾阳寺这个地方与一个名叫长井新左卫门的人有关连。这个新左门经过这几年来的研究来看可能是斋藤道三之父。此人是靠在汾阳寺一带生产纸的利益而开始扩展势力的。相对于以前道三是从买油商人发迹的说法，近几年的研究成果更倾向于道三是以新左卫门儿子的身份开始发迹。依靠这个新左卫门的金钱支援和朝仓家的军力支援，土岐氏的守护政权镇压了一揆，夺回了当时美浓的中心福光。此后关于赖武是如何平定美浓和赖艺是如何取赖武而代之的不是很清楚。也许是两个政权分立，也许是在美浓国内势力的支持下，赖艺取赖武而代之。一五三二年，守护土岐氏把本处从福光移到了稍东的枝广。一五三五年，长良川的洪水毁掉了枝广。守护的本处移到了大桑城。一五四二年，赖艺的家臣斋藤道三攻陷大桑城，赖艺逃往尾张。

美浓土岐氏从此灭亡。