它大部分被新生代沉积覆盖，基底和古生代盖层主要出露于北部边缘的柯坪、库鲁克塔格等地。在库鲁克塔格基底中有三个重要的不整合面，即下元古界兴地塔格群与太古宇托格拉格布拉克群之间、上元古界杨吉布拉克群与下元古界兴地塔格群之间，以及库鲁克塔格冰碛层与上元古界爱尔基干群之间的不整合面。此冰碛层与南沱冰碛层相当，在爱尔基干群中有新元古代叠层石，故它也是在扬子旋回最终形成的。其盖层曾经历多次构造变动，其中最重要的构造变动有两次：华力西运动形成古生界盖层褶皱，喜马拉雅运动使中、新生代地层褶皱。