小清河南流进入河北省境内涿州市东北部，码头镇北部的郎庄入境（原属里渠乡古城村北），穿越码头镇、塔西郭、双柳树等村，至佟村北（一说小柳村村北）汇入北拒马河，以下河道称白沟河，再合白洋淀南来之水，为大清河。在涿州市境内全长9.23公里（一说5公里），流域面积为10平方公里，河宽50至120米，深2至3米，纵坡为1/2000，设计行洪流量500立方米/秒，平时干涸，汛期水流浑浊，境内群众又称其“小浑河”。涿州市境内河道长9.23公里，左堤长2960米，塔西郭险工1处、长410米，丁坝8座。

小清河是一条泄洪河道、季节性、间歇性河流。直至1992年仍承担着永定河卢沟桥上游的分洪任务。当卢沟桥流量超过2500立方米/秒时，其超过部分就向小清河分泄，以保障首都北京的安全。

该河含沙量大，只能通过500立方米/秒的流量，除承担该流域涝水下泄任务和永定河卢沟桥上游分洪任务外，必要时还要承担永定河金门闸的分洪任务，以保卫天津市的安全。西岸的徐肖街等村的街道和农田，白沙依然在目，故当地群众又称小清河为“小浑河”。

小清河的洪害主要来自永定河分洪，其灾情大小与永定河分洪洪水大小相关。近百年来大灾当属1924年和1939年。

由于永定河屡次决口，泥砂俱下，任其泛滥，河床淤积，土地砂化，农业生产落后。枯水时期，河水多为丰台区长辛店地区入境污水和崇青水库的漏水及良乡地区污水。

小清河，左岸临永定河，支流主要在右岸，支沟主要有哑叭河、九子河、蟒牛河、牤牛河、刺猬河等。流域内各地区名称混乱。主要依上游丰台区资料整理如下：

牤牛河（《房山区志》称哑叭河），发源丰台区长辛店乡大灰厂村北部山区，向东南纵贯王佐乡，途经大灰厂、沙锅村、侯家峪、下庄、西王佐、张各庄、南宫、庄户、王庄等村，在王庄村南京周公路桥西侧进入房山区长阳农场，最后汇入小清河。在京周公路桥西侧，进入房山区下游部分称为哑叭河，经长阳镇哑叭河村，穿过长阳村。河道全长18.5公里。在丰台区境内主河长11.93公里（从大灰厂西侧的长辛店乡电石厂桥算起），流域面积34.82平方公里，平均纵坡4.5‰。房山区境内长度6.5公里，流域面积20平方公里。牤牛河属山前季节性河流，坡陡流急，遇大雨时，河水暴涨，水势凶猛，犹如牤牛下山，故称“牤牛河”。是王佐乡的主要排水河道。

九子河，又名长辛店沟，源起长辛店乡留霞峪，经长辛店、赵辛店进房山区长阳农场入小清河，长8.5公里（区境内6公里），在区内流域面积7.34平方公里（其中农田排水3.74平方公里，城镇排水3.6平方公里）。九子河是长辛店街道的主要排水河道，沿河有二七机车厂、二七通信厂、装甲兵工程学院等单位的生活污水和工业废水流入，致使河水变黑，臭味难闻。但由于河西水源紧缺，在长辛店南仍利用部分河水灌溉农田。

蟒牛河，是长辛店乡南部的主要排水河道，源起白草洼，经太子峪、吕村、张家坟、二老庄、朱家坟、公主坟、北岗洼，汇入小清河。在吕村附近有李家峪沟汇入。主河道长8公里，流域面积18.2平方公里，平均纵坡4‰。蟒牛河属于汛期季节期河流，上游坡陡，下游较为平缓，出口过水能力30立方米每秒。平时主要排泄太子峪毛纺厂、618厂等企业的工业和生活污水。1958年2月，曾在其支沟李家峪沟上建库容20万立方米的小Ⅱ型水库一座，因渗漏严重，早已废弃。

佃起沟（原名烟灰沟），起源于云岗北山区，流经佃起、王庄、南岗洼，进入房山区长阳农场，在黄官屯村南入哑叭河（牤牛河下游）。主沟长7.0公里（区境内4.53公里，即京周公路以西部分），境内流域面积15.9平方公里（其中佃起沟本身7.1平方公里，王庄边界沟3.5平方公里，南岗洼沟5.3平方公里）。由于北京第三热电厂（位于云岗）多年向该沟排放烟灰水，河道淤积严重，影响农田排水。1989年，第三热电厂的烟灰水通过压力管道进入烟灰池沉淀后再排入佃起沟，才使该沟的自然条件有所好转。

刺猬河，原称“茨尾河”，源出门头沟区鲁家滩赵家台，在佛儿门沟进入丰台区，经过羊圈头、房山区崇各庄乡饮水井村北，继续南流入崇青水库。刺猬河为丰台、房山两区界河（有少量插花地）。在刺猬河上建有崇青水库和鲁家滩水库，控制流域面积156平方公里。从崇青水库向下全部在房山区境内，经窦各庄、北刘庄、固村、太平庄等村，向东南过京周公路、京石公路和京广铁路，在东石羊村东南汇入小清河。

刺猬河底不平，多卵石，水流过，河面小浪起伏如刺猬，故名。崇青水库以下河长16公里，流域面积100平方公里。刺猬河是小清河最长的一条支流。良乡以上河道的基流，主要来自崇青水库漏水，水质好，以下良乡城镇污水汇入后，水质污染严重。

上游治理

小清河历史上为永定河的分洪河道，两岸无堤，纵坡上陡下缓，每遇永定河堤决口或分洪，洪水直泄而下，任意漫溢。1955年良乡县针对“沥涝重于河淹、小河重于大河，平原重于山区”的洪涝灾情特点，开始对小清河加宽、截弯治理。

1975年11月，房山县为减轻小清河及永定河分洪灾害，决定对该河进行治理，成立了以县委副书记王文哲为指挥的小清河治理工程指挥部。工程设计主河槽底宽50至70米，行洪流量130立方米每秒，复式河槽左右两堤相距300米，右堤高3.5米，顶宽8米，左堤高2.2米，顶宽4米，行洪流量300立方米每秒。整治段由黄良铁路桥至房山县与河北省涿县交界处，全长19.2公里。全县14个公社的干部群众及驻军2.1万人参加了治理。出动小推车、马车、手扶拖拉机、铲车5000辆。经5个多月的奋战，共动土方180万立方米，投入人工77.94万工日。

工程完工后，河北省有关部门提出异意，并报水电部，经会商，决定把右堤扒开两处豁口，共长400米，使堤防失去了防洪能力。八十年代后期，河道附近村民经常在右堤豁口处拉沙取土，使豁口越来越大，堤防残破长达8.5公里。小清河两岸仍被划为永定河分洪滞洪区。

2012年9月，随着房山新城滨河森林公园建设完工，完成了小清河治理4.6公里（京良路桥至四大队桥），形成了靓丽的小清河风光带。同时，房山区又启动了房山区灾后河道应急修复工程，其中小清河支流哑叭河（京石高速至京广铁路）水毁修复长度1.6公里。

2013年，结合北京市中小河道三年工作计划要求，房山区实施了大石河、小清河等6条河道68.35公里综合治理工程，其中小清河治理长度为24.4公里（分别为大宁水库至京良路桥和四大队桥至市界），工程总投资10.92亿元。工程建设主要内容包括河道疏挖、两岸堤防加高加固等。小清河两岸绿化有乔木、花灌木和地被植物等三类，改善了区域的生态环境。

小清河房山段已经完成全流域防洪达标治理，达到了20年一遇防洪标准，特别是小清河支流哑叭河实现了右堤50年一遇防洪标准，左堤20年一遇防洪标准治理，彻底解决了良乡组团北部和CSD核心区防洪排水问题，带动小清河沿河经济发展。

下游治理

小清河该河河道狭窄，流量超过500立方米/秒，就要漫溢，危及两岸及拒马河北的农田，郎庄、北西郭、徐肖街、古城、刘家园等村均受其害。除对旧社会残留的右岸土埝，于1949年至1951年连年复修外，其左埝在1983年复修的基础上，又由涿、固两县共同施工，固安县负责由古城村北排水小桥至二龙坑与白沟河大堤相连接长9.23公里的施工任务；涿县负责由西起古城村北排水小桥，东接永定河右堤的任务。此段新堤长5.96公里，高2.5至4米，坡比1：3，称“古城小埝”。1984年在左岸塔西郭村西410米的险工处，又新建土心石坝8道，坝长16至52米不等。1987年对此堤又增高1米，并做了埝顶包胶，同时完成了绿化任务。连同埝北2座桥梁加宽及小清河通讯电缆埋深，共砌石55立方米，动土8万立方米，用钢筋混凝土管24米，工日7.91万个，河北省投资32万元。

大宁水库，位于房山区东北部丰台区与房山区的交界处，东濒永定河，西临长辛店镇，是一个地势广阔的平洼淀，俗称北河滩。小清河的起点就是从这里开始。1958年水库由清华大学勘测设计，进水闸由北京市市政设计院设计并协助施工。水库占地3000亩，流域面积27.69平方公里，1958年3月开工，1959年5月竣工。1985年至1987年改建为永定河大宁滞洪区，将水库围堤及大坝加高，并深挖库底，以增加蓄洪库容。扩建后的大宁水库，总库容为3600万立方米，主坝坝高13米，副坝坝高10米，泄洪闸8孔双扉平板钢门（中间2个深孔、净宽6米，门高13.2米，两侧6个浅孔，净宽8米，门高9.2米），最大泄量3143立方米每秒。围堤总长6061米。是一座平原水库，最大泄量3143立方米每秒。水库升级到中型，管理权上交北京市永定河管理处。

崇青水库，是崇各庄水库和青龙头水库的简称。位于小清河支流刺猬河上，崇各庄村北，距良乡城9公里。1958年6月，青龙头水库竣工。由于蓄水量小，满足不了灌溉要求，1959年底房山县委又决定在青龙头水库右侧修建崇各庄水库。扒开青龙头副坝，使两水库相联通。1964年在青龙头水库主坝右侧又合建一处溢洪道。为了统一管理，简化库名，两库合称“青崇水库”，后改称“崇青水库”。附属工程有设计输水能力10.0立方米每秒漫水河引渠一条。崇青水库主要技术指标：流域面积：102.1平方公里，最大坝高：18.4米，坝顶高程：77.68米，坝顶宽：5.0米，设计洪水位：75.15米（百年一遇），校核洪水位：77.15米（千年一遇），汛后最高蓄水位：72.5米，总库容：2900万立方米。

青龙头水库，1957年河北省通县专署决定在刺猬河上修建青龙头水库。目的是为了控制该河洪水，减轻洪水对下游良乡镇一带工厂和居民的危害以及发展灌溉。1957年11月21日，由良乡县组织施工，1958年6月竣工。它是北京地区最早兴建的一座中型水库。青龙头水库流域面积70余平方公里，总库容1490万立方米，主坝高18.4米，长350米，为粘土斜墙，砂石后戗的混合坝。副坝一座为均质土坝，长1100米。主坝右侧有两处较低地形，筑有土坝，作为非常溢洪道，两处溢洪道合计最大泄水量922立方米每秒。水库工程的设计和施工均由河北省通县专署水利局杨振铎负责，良乡县组织施工。

崇各庄水库，位于刺猬河西支青龙头水库右侧，1959年12月16日开工兴建，1960年7月10日建成。工程是在边勘察，边设计，边施工的情况下进行的。崇各庄水库控制流域面积23.5平方公里，可蓄水1050万立方米。主坝为粘土斜墙坝，坝高16米，长1127米，坝顶高程77.68米。副坝一座为均质土坝，最大坝高7米，长450米，主坝西坝头建有三排直径0.8米的放水管道，未单设溢洪道。为和青龙头水库相通，将两库之间的青龙头副坝挖了一个深约3米、长约50米的豁口。崇各庄水库的水可流入青龙头水库。水库共完成土石方59.77万立方米，用工68.21万工日。国家净投资150万元。

漫水河引渠工程。青龙头水库建成后，虽可拦蓄刺猬河洪水，但流域面积小，正常年产生迳流有限，水库蓄水不足，满足不了灌溉用水的需求。1959年房山县委为开发利用大石河水资源，决定修建漫水河引水工程，将大石河水引入崇青水库。漫水河引水工程，是跨流域引水。进水闸在大石河漫水河村上游1公里处左岸。渠道沿大石河左岸东伸，越过4座山岗，跨过良坨铁路，穿过大石河与小清河的分水岭后，入崇各庄水库。渠道长5.5公里，所经之处地形复杂，又受村庄、铁路、公路等建筑限制，施工艰巨。引渠输水能力10立方米每秒。1959年10月31日开工，1963年1月15日完工通水。引渠工程共开挖衬砌明渠1985米，砌石填方渠道1003米，开凿了水峪、石梯、辛开口三条隧洞共935.3米，暗沟1187米，闸、涵、跌水、桥梁等永久建筑物25座。1964年开始进行渠道维修工程。漫水河引渠工程建成后，一般年分每年从8月至次年3月底均可引水入库。从1963年至1990年共引水3.15亿立方米，年均引水1122万立方米。1977年最多引水2196万立方米，1984年干旱严重，大石河干枯，引渠没有引水。

大宁灌区，东濒永定河西堤，西邻京广铁路，北起长辛店，南与河北省交界，小清河从中部穿过。1958年底始建，到1962年底东、西主干基本竣工。设计控制耕地面积12.8万亩，灌溉面积12.7万亩，约占房山县总耕地面积的六分之一。灌渠以官厅水库为水源，引水闸设在永定河右岸卢沟桥下730米处。引水先入大宁水库，经调蓄灌溉。受益的公社有丰台区的张郭庄、长辛店、王佐和房山县的良乡、长阳、官道、交道、葫芦垡、窑上、紫草坞、窦店、琉璃河、南召及35个军队农场。工程修建未达到原设计标准，水源也达不到预计要求，下游用水困难，西干渠下游的窦店、南召、紫草务、琉璃河4个公社及东干渠沿线的永定河内滩地扬水退出灌区。1978年灌溉面积降为8.664万亩。灌区工程兴建属于民办公助。干渠以上工程国家投资物料，受益单位义务出工，支渠以下工程费用全部由群众自筹。陆续建成各级渠道876条，总长540公里，各种建筑物1273座。

灌区工程设施是经过25年时间陆续建成的。从1959年到1984年，灌溉引水总量5.338亿立方米，给灌区农业带来了较大的经济效益。1981年后，连年干旱少雨，官厅水库蓄水锐减，供给农业用水逐年减少，到1985年停止供水。1958年至1962年在边勘测，边设计，边施工的情况下，完成东西主干渠。后经扩、改建，防渗配套，到1983年全部工程基本定型。主体工程有：库区引渠、总干渠、东、西干渠、固村引渠。

崇青灌区，位于崇青水库下游的丘陵与平原地带。控制房山、丰台区七个乡的近七万亩耕地。灌区内土壤主要是粘土和壤土，农作物以小麦、玉米、高粱为主，果树面积4875亩。灌区内有东、西、中三条主干渠，总长38.9公里，大小建筑物286座，防渗衬砌1930米。共有支渠128条，全长71.7公里，设计灌溉面积6.9万亩，最大实灌面积3.9万亩。总工程量81.3万立方米，用工81.5万工日，投资143.45万元。灌区的建成，为农业生产提供了水源保障，截止到1990年，共灌溉农田72万亩次，粮食生产由原来的100至150公斤提高到500至750公斤。

二龙坑泄水闸，位于涿州市境内小清河段左堤上。原来无闸，此闸建于1984年7月，为2孔，每孔宽2米，由钢筋混凝土浇注。设计流量为3立方米/秒，流域面积19平方公里，可排泄东义和庄乡北部及里渠乡东部的沥水。

塔西郭泄水闸，位于涿州市境内小清河段左堤上。原来无闸，此闸建于1984年7月，其规格和结构为单孔净宽2米的钢筋混凝土方涵，设计流量为3立方米/秒，流域面积8平方公里。可排泄里渠乡以南诸村的沥水。

刘园子泄水闸，位于涿州市境内小清河段左堤上。原来无闸，此闸于1984年7月兴建。为单孔净宽2米的钢筋混凝土方涵。设计流量为3立方米/秒，流域面积9平方公里。主要排泄里渠乡以北从东到西的沥水。

双柳树涵洞，位于涿州市境内小清河段左堤上。为1孔直径0.8米的钢筋混凝土管涵。控制面积为2.2平方公里，可排泄里渠、东义和庄两乡的沥水。

小陶村闸，1977年结合整治小清河和房窑公路桥的改建，在窑上乡小陶村西建拦河闸，利用小清河较宽的河床及原有旧河道蓄水。由房山县水利局杨逊之设计。拦河闸共27孔，单孔宽2.2米，总长81.18米，设计过闸流量135立每秒。钢质闸门，闸上铺有水平轨道，利用一台3吨倒链绞车提升。汛前闸门提起，移入左岸库房存放，汛后落闸蓄水。设计蓄水30万立方米，扬水灌溉面积4000亩，由窑上乡管理。后河流干枯，无灌溉效益。

2024年7月，随着小清河复航后河海直达特定航线船舶“鲁清001”轮离泊山东港口渤海湾港潍坊港区，该航线上半年累计装卸作业量达1859TEU，同比增长100%，实现航线稳定绿色运行。