1988年，由于纽维尔斯老男孩主力前锋受伤，巴蒂斯图塔得以从二线队升入一线队开始职业生涯。在进入一线队后，巴蒂斯图塔在纽维尔斯老男孩对阵圣洛伦索足球俱乐部的南美解放者杯首回合比赛中上演了职业生涯处子秀，紧接着在纽维尔斯老男孩对阵圣洛伦索的第二回合南美解放者杯比赛中，巴蒂斯图塔收获了职业生涯处子球。1988-89赛季，巴蒂斯图塔代表纽维尔斯老男孩在阿根廷足球甲级联赛中出场16次，打进4球。

河床时期

1989年夏天，巴蒂斯图塔以自由球员的身份加盟阿根廷足球甲级联赛河床竞技足球俱乐部。

1990年1月，在丹尼尔·帕萨雷拉成为河床新任主教练后，巴蒂斯图塔因沦为替补球员而主动要求离开球队。1989-90赛季，巴蒂斯图塔代表河床在阿根廷足球甲级联赛中出场19次，打进3球，帮助河床夺得阿根廷足球甲级联赛冠军。

博卡青年时期

1990年夏天，巴蒂斯图塔从河床自由转会至阿根廷足球甲级联赛博卡青年足球俱乐部。加入博卡青年后，巴蒂斯图塔在时任博卡青年主教练奥斯卡·塔巴雷斯的指导下将场上位置从边锋移动到了中锋。

1990-91赛季，巴蒂斯图塔代表博卡青年在阿根廷足球甲级联赛（包含春季联赛、秋季联赛）中出场30次，打进13球，帮助博卡青年夺得阿根廷足球秋季联赛冠军，并以11粒进球夺得秋季联赛最佳射手。

佛罗伦萨时期

1991年夏天，由于在1991年美洲杯中的出色表现，多支意大利足球俱乐部向加夫列尔·巴蒂斯图塔发出了邀请，而巴蒂斯图塔最终选择加盟意甲佛罗伦萨足球俱乐部。

1991年8月24日，在佛罗伦萨对阵博卡青年的友谊赛中，巴蒂斯图塔完成了佛罗伦萨首秀。9月1日，在意甲首轮联赛中，佛罗伦萨0比1负于尤文图斯足球俱乐部，巴蒂斯图塔在下半场的第63分钟替补出场，完成意甲联赛处子秀。9月8日，在意甲第2轮联赛中，佛罗伦萨2比0战胜热那亚足球俱乐部，巴蒂斯图塔首发出场，在上半场第45分钟打进意甲联赛处子球。1991-92赛季，巴蒂斯图塔代表佛罗伦萨在意甲联赛和意大利杯中共出场30次，打进14次，被委内瑞拉的《世界报》评为1991年南美最佳球员（非官方形式）。而正是在该赛季，巴蒂斯图塔在比赛中的进球被球迷称作为“BATIGOL”。

1992-93赛季，佛罗伦萨在1993年1月时还一度位列意甲联赛第二名，但之后由于俱乐部内部出现了问题以及主教练不合理的战术安排导致佛罗伦萨在意甲联赛后半段崩盘，最终在赛季结束时以1个积分的差距降入了意大利足球乙级联赛，但巴蒂斯图塔最终选择留在佛罗伦萨。该赛季，巴蒂斯图塔代表佛罗伦萨在意甲联赛和意大利杯中共出场35次，打进19球。

1993-94赛季，巴蒂斯图塔曾一度与佛罗伦萨新任主教练克劳迪奥·拉涅利产生矛盾，但之后两人很快就消除了误会，克劳迪奥·拉涅利还让巴蒂斯图塔取代斯特凡·埃芬博格，成为佛罗伦萨的队长。该赛季，巴蒂斯图塔代表佛罗伦萨在意大利足球乙级联赛中出场26次，打进16球，帮助佛罗伦萨以意乙联赛冠军的身份升入意甲联赛；在意大利杯中出场3次，打进3球。

1994年9月至11月，巴蒂斯图塔创造了连续在11轮意甲联赛中取得进球的纪录。1994-95赛季，巴蒂斯图塔代表佛罗伦萨在意甲联赛中出场32次，打进26球，荣誉意甲联赛最佳射手；在意大利杯中出场5次，打进2球。

1996年5月，在两回合的意大利杯决赛中，佛罗伦萨以3比0的总比分战胜亚特兰大足球俱乐部夺得冠军，巴蒂斯图塔在两回合比赛中共打进2球。1995-96赛季，巴蒂斯图塔代表佛罗伦萨在意甲联赛和意大利杯中共出场39次，打进27球，其中在意大利杯中打进8球，荣膺意大利杯最佳射手。

1996年8月25日，在意大利超级杯决赛中，巴蒂斯图塔梅开二度，帮助佛罗伦萨以2比1战胜AC米兰足球俱乐部夺得冠军。1997年4月10日，在欧洲优胜者杯半决赛第一回合比赛中，佛罗伦萨1比1战平巴塞罗那足球俱乐部，巴蒂斯图塔在比赛的第62分钟打进扳平比分的一球。1996-97赛季，巴蒂斯图塔代表佛罗伦萨在各项赛事中出场41次，打进18球，帮助球队杀进了欧洲优胜者杯半决赛。佛罗伦萨足球俱乐部在1996年为巴蒂斯图塔在弗兰基球场外树立了一尊雕像。

1997年8月31日，在意甲首轮联赛中，佛罗伦萨以3比2战胜乌迪内斯足球俱乐部，巴蒂斯图塔在比赛中上演了帽子戏法。1997-98赛季，巴蒂斯图塔代表佛罗伦萨在意甲联赛和意大利杯中共出场36次，打进24球。赛季结束后，巴蒂斯图塔曾在1998年夏天产生了离开佛罗伦萨的想法，但最终在多支足球俱乐部的邀请下，巴蒂斯图塔决定继续留在佛罗伦萨效力。

1998年9月26日，在意甲第3轮联赛中，佛罗伦萨以3比1战胜AC米兰，巴蒂斯图塔在比赛中上演了帽子戏法。1998-99赛季，巴蒂斯图塔代表佛罗伦萨在意甲联赛、意大利杯、欧洲联盟杯三项赛事中共出场41次，打进26球，帮助佛罗伦萨夺得意大利杯亚军和意甲联赛第三名，佛罗伦萨为此获得了1999-00赛季参加欧洲冠军联赛的资格，巴蒂斯图塔荣膺1998年度阿根廷足球先生。

1999年10月27日，在欧洲冠军联赛第一阶段小组赛第四轮比赛中，佛罗伦萨以1比0战胜阿森纳足球俱乐部，巴蒂斯图塔在比赛的第75分钟打进制胜球。11月23日，在欧洲冠军联赛第二阶段小组赛首轮比赛中，佛罗伦萨以2比0战胜曼彻斯特联足球俱乐部，巴蒂斯图塔在上半场第24分钟为球队首开纪录。2000年1月，在1999年度国际足联世界足球先生的评选中，巴蒂斯图塔获得第三名。5月14日，在意甲最后一轮联赛中，佛罗伦萨以3比0战胜威尼斯足球俱乐部，巴蒂斯图塔在比赛中上演了帽子戏法，这场比赛成为了巴蒂斯图塔代表佛罗伦萨参加的最后一场比赛。1999-00赛季，巴蒂斯图塔打破了佛罗伦萨前辈库尔特·哈姆林创造的150个意甲联赛进球的纪录，成为佛罗伦萨队史上在意甲联赛中的第一射手。该赛季，巴蒂斯图塔代表佛罗伦萨在各项赛事中出场43次，打进28球，当选1999年意甲联赛最佳外援。赛季结束后，巴蒂斯图塔决定离开佛罗伦萨足球俱乐部。

罗马时期

2000年5月31日，加夫列尔·巴蒂斯图塔以约3360万美元的身价从佛罗伦萨转会至罗马足球俱乐部，双方签约三年，巴蒂斯图塔创造了当时世界足坛30岁以上球员的身价纪录。

2000年11月5日，在意甲第5轮联赛中，罗马4比2战胜布雷西亚足球俱乐部，巴蒂斯图塔在比赛中上演了帽子戏法。11月26日，罗马在意甲第8轮联赛中1比0战胜佛罗伦萨，巴蒂斯图塔在比赛的第83分钟打进制胜球。2001年2月4日，在意甲第17轮联赛中，罗马以2比1逆转战胜帕尔马足球俱乐部，巴蒂斯图塔在比赛中梅开二度。该场比赛结束后，罗马队将联赛领先优势扩大到了6分。6月17日，在意甲最后一轮的冠军争夺战中，罗马以3比1战胜帕尔马足球俱乐部夺得意甲联赛冠军，巴蒂斯图塔在比赛的第76分钟晃过帕尔马后卫法比奥·卡纳瓦罗打进本队的第3粒进球。2000-01赛季，巴蒂斯图塔代表罗马在意甲联赛中出场28次，打进20球；在欧洲联盟杯中出场4次，打进1球。

2001年8月19日，在意大利超级杯决赛中，巴蒂斯图塔帮助罗马以3比0战胜佛罗伦萨夺得冠军。但是在比赛结束后，以巴蒂斯图塔为首的部分罗马球员因夺冠奖金问题和俱乐部产生了矛盾。2001-02赛季，巴蒂斯图塔状态不佳，在23场意甲联赛中仅打进6球，罗马最终也没能成功卫冕意甲联赛冠军。

2003年1月，在冬季转会窗口开启后，由于高昂的薪酬以及和俱乐部的矛盾，罗马足球俱乐部决定将巴蒂斯图塔出售给其他足球俱乐部。2002-03赛季，巴蒂斯图塔代表罗马在意甲联赛中出场12次，打进4球。

租借国际米兰

2003年1月21日，巴蒂斯图塔以租借的形式加盟国际米兰足球俱乐部。

2003年1月26日，在意甲第18轮联赛中，国际米兰3比0战胜恩波利足球俱乐部，巴蒂斯图塔首发出场，完成国际米兰首秀。2月23日，在意甲第22轮联赛中，国际米兰3比1战胜皮亚琴察足球俱乐部，巴蒂斯图塔在比赛的第64分钟打进了加盟国际米兰以来的首粒进球。2002-03赛季，由于年龄，巴蒂斯图塔在代表国际米兰出场的12场意甲联赛中仅打进2球。赛季结束后，巴蒂斯图塔在没有获得国际米兰足球俱乐部的续约合同后离开球队。

阿尔阿拉比时期

2003年6月，巴蒂斯图塔在与罗马的合约到期后以自由球员的身份加盟卡塔尔阿尔阿拉比足球俱乐部，双方签约两年。

2003-04赛季，巴蒂斯图塔代表阿尔阿拉比在卡塔尔足球甲级联赛中出场18次，打进25球，荣膺联赛最佳射手，并打破卡塔尔足球甲级联赛单赛季进球纪录。但在之后的2004-05赛季，巴蒂斯图塔由于伤病的原因仅代表阿拉阿尔比在卡塔尔足球甲级联赛中出场3次。

宣布退役

2005年3月，巴蒂斯图塔因伤病的原因与阿拉阿尔比足球俱乐部终止合同，并随即宣布退役。

2013年11月，巴蒂斯图塔入选意大利足球名人堂。

2014年10月，巴蒂斯图塔入选佛罗伦萨足球俱乐部名人堂。

2015年，巴蒂斯图塔入选罗马足球俱乐部名人堂。

1991年6月28日，在阿根廷队1比1战平巴西队的友谊赛中，巴蒂斯图塔获得首发出场的机会，完成国家队首秀。7月，巴蒂斯图塔以主力中锋的身份代表阿根廷国家男子足球队参加了在智利举行的美洲杯。7月8日，在美洲杯首场小组赛中，阿根廷队3比0战胜委内瑞拉队，巴蒂斯图塔在比赛中梅开二度，其中在上半场第28分钟打进的是国家队处子球。该届美洲杯，巴蒂斯图塔共代表阿根廷国家队出场6次，打进6球，帮助阿根廷国家队夺得美洲杯冠军，并荣膺赛事最佳射手。

1992年10月，在沙特阿拉伯首次举办的法赫德国王杯（国际足联联合会杯前身）中，巴蒂斯图塔代表阿根廷国家队出场2次，打进2球，帮助阿根廷国家队夺得冠军，荣膺赛事最佳射手。

1993年2月24日，在阿特米奥-弗兰基杯比赛中，巴蒂斯图塔帮助阿根廷队在点球大战中战胜1992年欧洲杯冠军丹麦队夺得冠军。6月，巴蒂斯图塔跟随阿根廷国家队出征在厄瓜多尔举行的美洲杯。7月4日，在美洲杯决赛中，阿根廷队2比1战胜墨西哥队，从而卫冕了该项赛事的冠军，巴蒂斯图塔在比赛中梅开二度。该届美洲杯，巴蒂斯图塔共代表阿根廷国家队出场6次，打进3球。11月17日，在世界杯预选赛第二回合附加赛中，阿根廷队对阵澳大利亚队，在比赛进行到下半场第59分钟的时候，巴蒂斯图塔在突破到对方禁区右侧后起脚射门，球最终打在澳大利亚队球员亚历克斯·托宾的腿上吊入对方球门，最终凭借这粒乌龙球，阿根廷队以1比0战胜澳大利队，从而以两回合2比1的总比分晋级1994年世界杯决赛圈。

1994年6月，巴蒂斯图塔跟随阿根廷国家队征战1994年美国世界杯。6月21日，在世界杯首轮小组赛中，阿根廷队4比0战胜希腊队，巴蒂斯图塔完成了世界杯处子秀，并在比赛中上演了帽子戏法。但是在之后的比赛中，由于球队核心迭戈·马拉多纳在药检中麻黄素呈阳性被禁赛，阿根廷队为此在八分之一决赛中被罗马尼亚队淘汰出局。该届世界杯，巴蒂斯图塔共代表阿根廷队出场4次，打进4球，助攻1次。

1995年1月，巴蒂斯图塔代表阿根廷国家队在法赫德国王杯中出场3次，打进2球，帮助阿根廷队夺得亚军。7月，巴蒂斯图塔在乌拉圭举行的美洲杯中代表阿根廷国家队出场4次，打进4球，荣膺赛事最佳射手。但阿根廷队最终在四分之一决赛的点球大战中不敌巴西队，从而无缘半决赛。

1996年9月1日，在世界杯美洲区预选赛中，阿根廷队1比1战平巴拉圭队，在比赛中打进1球的巴蒂斯图塔超越了迭戈·马拉多纳，成为当时阿根廷国家队历史上进球最多的球员。但是在此之后，由于时任阿根廷国家队主教练丹尼尔·帕萨雷拉规定国家队球员必须剪短发，巴蒂斯图塔为此缺席了之后大部分的世界杯美洲区预选赛。

1998年6月，巴蒂斯图塔在剪掉长发后被主教练丹尼尔·帕萨雷拉召入了阿根廷国家队出征1998年法国世界杯的大名单。6月21日，在世界杯第2轮小组赛中，阿根廷队以5比0大胜牙买加队，在比赛中上演了帽子戏法的巴蒂斯图塔成为世界杯历史上唯一一位连续在两届世界杯中都上演过帽子戏法的球员。6月30日，在八分之一决赛中，阿根廷队通过点球大战以6比5的总比分战胜英格兰队晋级四分之一决赛，巴蒂斯图塔在上半场第6分钟打进一粒点球，这是巴蒂斯图塔在1998年度代表阿根廷国家队打进的第12粒进球，巴蒂斯图塔为此成为阿根廷国家队历史上单年进球最多的球员。该届世界杯，巴蒂斯图塔共代表阿根廷队出场5次，打进5球，荣膺世界杯银靴奖，帮助阿根廷队杀进四分之一决赛。

2001年10月，巴蒂斯图塔通过媒体宣布在2002年世界杯结束后退出阿根廷国家队。

2002年6月，巴蒂斯图塔跟随阿根廷国家队征战2002年韩日世界杯。6月2日，在世界杯首轮小组赛中，阿根廷队以1比0战胜尼日利亚队，巴蒂斯图塔在下半场第63分钟打进制胜球，也是其在阿根廷国家队打进的最后一粒进球。6月12日，在世界杯第三场小组赛中，阿根廷队被瑞典队1比1逼平，阿根廷最终以1胜1平1负的战绩位列小组第三名，从而无缘淘汰赛阶段，巴蒂斯图塔在下半场第58分钟被替换下场，完成了个人在国家队的最后一场比赛。该届世界杯，巴蒂斯图塔共代表阿根廷国家队出场3次，打进1球。11月，巴蒂斯图塔宣布正式退出阿根廷国家队。

巴蒂斯图塔的妻子名叫伊莲娜·费尔南德斯，两人在不到20岁的时候就开始相知相恋，并于1990年完婚。两人育有四个儿子，分别叫蒂亚戈、卢卡斯、华金、沙美尔。巴蒂斯图塔和伊莲娜·费尔南德斯曾是世界足坛的模范夫妻。但在2014年，在意大利媒体曝出巴蒂斯图塔长达24年的偷情丑闻后，两人的婚姻走向破裂。

巴蒂斯图塔的二儿子卢卡斯·巴蒂斯图塔是一名职业足球运动员，职业生涯出道于阿根廷的科隆竞技足球俱乐部。2014年，卢卡斯·巴蒂斯图塔登陆欧洲联赛，加盟意大利第五级别足球联赛的罗马门足球俱乐部。

2008年，巴蒂斯图塔被卡塔尔足协聘请为世界杯申办委员会成员。2010年12月，巴蒂斯图塔所在的世界杯申办委员会帮助卡塔尔取得了2022年世界杯的主办权。

2011年12月，巴蒂斯图塔出任阿根廷足球甲级联赛科隆竞技足球俱乐部体育主管。

2017年1月，巴蒂斯图塔作为颁奖嘉宾出席了国际足联年度颁奖典礼，随后为美国女子职业足球运动员卡莉·劳埃德颁发了2016年国际足联年度最佳女子足球运动员奖。

加夫列尔·巴蒂斯图塔是一名令所有后卫畏惧的强力前锋。巅峰时期的巴蒂斯图塔技术全面，突击力强，空中脚下均极具威胁，势大力沉的射门是其招牌绝活。巴蒂的进球被称为“BATIGOL”，标志就是酣畅淋漓的大力射门，巴蒂的射门吃球很准，发力充分，而且强大的爆发力能够保证他能以任何姿势轰出势大力沉的射门。虽然盘带和原地护球不是巴蒂斯图塔的长项，但带球冲起来后，巴蒂斯图塔的球感还是非常好的，这让他能够在高速状态下摆脱防守，调整射门姿势。由于在球场上得分手段多样化，进攻威胁极强，巴蒂斯图塔无需承担防守、拉边、回接球串联等现代中锋的职责，他的作用很简单，就是球队前场的开山斧。（新浪体育评）

加夫列尔·巴蒂斯图塔从1994年到2000年来有5年都在意甲联赛射手榜的前列，他在禁区附近的威力实在是太大了。（前曼联主教练亚历克斯·弗格森爵士评）

加夫列尔·巴蒂斯图塔是阿根廷足球的旗帜。除了球技，他最大的优点就是真诚，绝无虚伪。为此，他失去了很多，也得到了很多。作为一名后卫，我为从来都没机会防守巴蒂而遗憾。（前阿根廷足球后卫瓦尔特·萨穆埃尔评）

我喜欢巴蒂斯图塔鼎盛时期那种“挡我者死”的气概，那种在任何角度，任何位置都敢射门的魄力！（前中国110米栏运动员刘翔评）

2022年4月1日，巴蒂斯图塔因漏税问题被阿联邦法院判决扣押个人资产。

根据阿根廷税务机关向法院提起的诉讼，巴蒂斯图塔未按法律规定缴纳2021年个人财产税，涉及金额近400万比索（约合4万美元）。阿税务机关请求法院判决巴蒂斯图塔补交该笔税费。阿联邦法官阿鲁拉尔德对此做出判决，对巴蒂斯图塔2005年退役后其名下的全部财产实施预防性扣押，直至其补交齐拖欠的个人财产税及相关罚款与利息。