1924年，加藤内阁进行的行政改组，将港口和港口管理的全部责任纳入海关，海关系统完全改组，将地方港口部门和植物检疫办公室（以前分别由内政部和农业商务部管辖）全部移交给海关。

1941年12月太平洋战争爆发后，日本对外贸易主要局限于南亚和满洲。航运被置于国家控制之下，以加强军事运输能力。至此，海关逐渐失去了其目的。

1943年，在日本军事当局的要求下，日本海关停止了运作。海关关闭后，其人员和设施由海运局负责。

1946年6月1日，日本海关关税局设置有6个海关，35个分支机构，45个支行和68个岗位。

1964年6月15日，日本成为海关合作委员会（CCC）的第38个成员国。

1972年，日本海关关税局隶属单位冲绳地区海关成立。

1979年6月，日本海关关税局引进毒品检测犬（攻击犬）。

1991年，日本海关关税局的海运货物通关信息处理系统（Sea-NACCS）和海关信息综合判断系统（CIS）运行。

2006年3月，日本海关关税局推出特定出口报关制度。

2007年10月，日本海关关税局引入指定保税审批制度。

2010年2月，日本海关关税局的Sea-NACCS和Air-NACCS（进出口/港口相关信息处理系统）进行整合。

2017年10月，日本海关关税局引进进出口报关处自由化制度。

日本海关关税局的主要职责如下：

1、与关税、吨位会费、特别吨位会费和其他海关管理（包括与其他国家签订的关税协议）的研究和规划有关的事项；

2、与征收关税和对国际货物征收的关税和其他税款有关的事项，例如吨位税和特别吨位税，以及消费税；

3、根据海关相关法律法规的规定，与监视和控制进出口货物、船只、飞机和旅客有关的事项；

4、与海关区域运作有关的事项；

5、与监督海关经纪人和注册海关专家有关的事项；

6、与日本自动货运和港口合并系统（NACCS）的海运和空运过程有关的事项。

7、与贸易统计有关的事项；

8、与海关官员的教育和培训有关的事项；

9、与一般支持理事会关税处海关、关税、外汇和其他交易有关的事项。

据2021年12月日报海关和关税局官网显示，日本海关共设置有9个隶属海关，其隶属海关主要信息如下表所示。

据2021年12月日本海关关税局官网显示，日本海关关税局下设总务科、管理科、海关司、监控部、事业部、调查科，其主要职责如下表。

据2021年12月日本海关关税局官网显示，日本海关关税局设有两个其他机构，其主要职责如下表。

日本海关关税局主要职责业务是支持日本工业和生活方式贸易门户的海港和机场，海关处于这些贸易活动的前线，其主要职责如下表。

青山幸恭

柴生田敦夫

佐川宣寿

饭塚厚

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