木棉袈裟是少林寺达摩祖师遗留下来的一件圣服，历经几任主持代代相传，成为少林寺主持权利的象征和身份的信物。

明朝末年，奸臣当道、东厂篡权。连年的饥荒已使中原大地饿殍遍野，民不聊生。锦衣掌管大臣王澄却不顾百姓的死活，仍然横征暴敛，逼得各地百姓纷纷打出少林真传武士的旗号与王澄对抗。王澄对少林寺本来就恨之入骨，看着不少的百姓不仅纷纷跑道少林寺躲避，而且还打着少林寺的旗号和自己作对，于是召来杀手祁天远，令他去少林寺掠取木棉袈裟，并许诺，成功之后由他接任主持之职。

祁天远（于荣光饰）本是一名被武当山逐出师门的道士，他凭着从武当山学来的武当拳术，无恶不作、败坏武当师门。在王澄（俞大陆饰）的授意下，他化名了空大师，伙同锦衣卫打手，闯进少林寺大开杀戒，逼迫圆慧大师交出木棉袈裟，让出主持之位。少林武僧毫无防备，终因寡不敌众，死伤大半；圆慧大师也身受重伤，不得已退至藏经阁。外出的大弟子慧能赶回寺院时，寺院已被祁天远完全控制。为了保存实力、保住木棉袈裟不被奸人夺走，圆慧（杨永才饰）命慧能、慧慈（徐芳毅饰）带着幸存的少林弟子杀出重围，将袈裟送往法华寺，交圆秀师叔收藏，自己则自焚身亡。