所幸道策又找到一个神童道知作为迹目，道策去世前将道知托付给曾经的弟子现在已是井上家掌门的三世井上道节因硕。而道节也没有辜负道策的重托，如愿将道知培养成本因坊门的继承人。

五世本因坊道知最有名的对局是同四世安井仙角的争棋第一局，这盘棋道知以1目险胜仙角，被后世誉为“道知官子名局”。原拟的十番争棋以仙角惨败三局告终。道知在恩师道节去世后也无可争议地当上了名人棋所。

道知以后的知伯、秀伯、伯元这三代人都是在三十多岁时病故，而且他们的棋力也只在六、七段之间，并无抑制其他三家的力量。 而这期间那三家也没有出现什么杰出的棋手，七世本因坊秀伯为了晋升七段曾与五世井上春硕因硕进行过争棋，原拟二十番棋只下了8局就因秀伯生病而不了了之。

直到九世本因坊察元的出现才为本因坊家带来新鲜气象。察元目睹坊门衰退，自责自励，锐意精炼，一心献身于棋道。几经曲折，实力雄厚的察元终于获胜成为八段准名人。接着，察元为了争夺名人棋所，与五世井上春硕因硕之间展开争棋。结果察元在六局中五胜一负从而成为名人，数年后被委任为棋所。

经过察元的努力，本因坊家开始中兴，后来，察元的弟子十世本因坊烈元、十一世本因坊元丈经常保持着对其他三家的优势。

元丈之后是十二世本因坊丈和，丈和棋艺超群，中盘战斗力极强，算路精确，被誉为“后圣”。而和丈和同时代的另一个强豪是井上家的井上幻庵因硕。在两人为争夺名人棋所的激烈斗争中，棋艺、权谋高出一筹的丈和胜出。因硕不甘失败，随后推出弟子赤星因彻代表井上家向丈和名人挑战。结果因彻不敌丈和，局后吐血而亡。这就是历史上有名的“天保吐血之局”。

丈和引退后，元丈的儿子丈策成为本因坊继承人，而丈和的高徒秀和为迹目。当幻庵因硕再次争夺名人棋所时，丈和推出秀和与之争棋。结果在这场“献身的争棋”中，幻庵两次吐血，仍然败于秀和。后来幻庵又两次败于秀和之手，不得不断了当棋所的念头。

丈策之后，秀和继任十四世本因坊，不久晋升八段准名人。

本因坊秀和才思敏捷，棋风明快坚实，中正平和。棋艺超群，卓拔独立于世，为本因坊家一代宗师。本因坊家的杰出天才棋士秀策虽名为丈和弟子，实于秀和处受益更多。因当时幕府时代的崩溃和受到十三世井上松本因硕的阻挠，未能继任名人棋所。明治六年，秀和五十四岁时郁郁而终。后世棋家尊本因坊秀和、本因坊元丈、安井仙知，井上幻庵因硕为日本“围棋四哲”。这四人皆为有名人之艺而无名人之命。

秀策作为本因坊秀和的迹目，却没有当上本因坊掌门人，三十几岁就英年早逝。本因坊秀策与初代算砂、四世道策同被后世称作棋圣。他在御城棋赛上出场十九场保持全胜是个很惊人的记录。他与天保四杰之首太田雄藏的三十番棋，以及在与幻庵因硕对局中“耳赤的一手”，都是其精湛棋艺的体现。

本因坊家继秀和之后，便是十五世秀悦、十六世秀元和十七世秀荣。他们三人都是秀和的儿子，长子秀悦、次子秀荣和老三秀元。秀荣当初执掌林家，后来他不忍看到自己家门衰落下去才回到本因坊家。而秀和的弟子村濑秀甫因本因坊继承权问题一气之下离开坊门，后来创立了方圆社。新成立的方圆社显示出兴盛的势头，而传统的本因坊家形同古迹。

后来，秀荣和秀甫达成了谅解，由秀甫回到本因坊家继任掌门，也就是十八世本因坊秀甫，然而很快秀甫病故。秀甫的棋风机警敏锐，豁达自在，重厚无为，奔放不羁，且又不乏轻灵飘逸，宛如天马行空。秀甫是日本明治维新围棋界的开拓先驱，创办方圆社是秀甫对日本围棋发展作出的最大贡献。

秀甫去世后秀荣又成为十九世本因坊。本因坊秀荣的棋技如高山流水，经常保持全局谐调平衡，虽平淡着子，但玄妙精微，明于取舍，丝毫没有勉强的感觉。后人称秀荣为“名人中的名人”。本因坊家通过秀荣的努力，势力已经恢复到不比新兴的方圆社逊色的程度。

图为1906年6悦24日本因坊秀荣名人披露会上的纪念对局，由田村保寿（左）对雁金准一（右），中间为秀荣名人。田村保寿就是后来的二十一世本因坊秀哉。

秀荣和弟子田村保寿、雁金准一

秀荣之后，经过二十世秀元（再袭），秀哉成为二十一世本因坊。本因坊秀哉的棋风雄肆奔放，机略纵横。激战中常能以风险之着出奇制胜，独霸日本棋坛数十年，被誉为“不败的名人”。著名对局有与雁金准一的“杀棋之名局”、与青年棋手吴清源的“三三·星·天元之局”和与木谷实的“名人引退棋”。1939年，秀哉将本因坊名号转让给日本棋院，“本因坊战“得以开始，而延续了三百多年的本因坊家也宣告结束。

本因坊家的外家是水谷家，水谷家的创始人是水谷琢元，十世本因坊烈元的弟子，天明时期的六段棋家。水谷琢元之子水谷琢顺是十一世本因坊元丈的弟子，六段，为水谷家第二代。水谷琢顺的养子水谷琢廉五段于天保7年左右夭折。天保14年，水谷琢顺回宗家本因坊家求得丈和的长子葛野忠左卫门（六段）为养子。葛野忠左卫门改名为水谷顺策，是为水谷家三世。弘化3年，本因坊、井上两家达成和解，水谷顺策又改入井上家为幻庵因硕迹目，改名井上秀彻。水谷家的最后一代是水谷四谷（五段），延续到明治年间。和安井家的外家坂口家、井上家的外家服部家相比，水谷家明显要弱得多。

一世—本因坊算砂（1559—1623）一世名人、棋所

二世—本因坊算悦（1611—1658）八段准名人

三世—本因坊道悦（1636—1727）八段准名人

四世—本因坊道策（1645—1702）四世名人、棋所

迹目—本因坊道的（小川道的，1669—1690）

迹目—本因坊策元（佐山策元，1675—1699）

五世—本因坊道知（1690—1727）六世名人、棋所

六世—本因坊知伯（1710—1733）

七世—本因坊秀伯（1716—1741）

八世—本因坊伯元（1726—1754）

九世—本因坊察元（1733—1788）七世名人、棋所

十世—本因坊烈元（1750—1808）八段准名人

十一世—本因坊元丈（1775—1832）八段准名人

十二世—本因坊丈和（1787—1847）八世名人、棋所

十三世—本因坊丈策（1803—1847）

十四世—本因坊秀和（1820—1873）八段准名人

迹目—本因坊秀策（1829—1862）

十五世—本因坊秀悦（1850—1890）

十六世—本因坊秀元（1854—1917）

十七世—本因坊秀荣（1852—1907）

十八世—本因坊秀甫（1838—1886）八段准名人

十九世—本因坊秀荣（1852—1907）九世名人

二十世—本因坊秀元（1854—1917）

二十一世—本因坊秀哉（1874—1940）十世名人