1975年，湖北省成立了水稻三系协作组，朱英国被任命为组长。

1978年5月—1985年1月，担任武汉大学遗传研究室副主任、讲师。

1985年1月—1991年1月，担任武汉大学遗传研究室副教授。期间经过多年繁复的杂交试验，“马协A”马尾粘细胞质雄性不育系培育成功。

1991年1月—2017年8月，担任武汉大学教授。

1993年，被遴选为博士生导师。

2005年，当选为中国工程院院士。

2006年，担任武汉大学学术委员会副主任。

2011年起武汉大学杂交水稻国家重点实验室在鄂州市杜山镇建立实验基地和研究生培养工作，朱英国带领研究团队在此进行水稻杂种优势机理、杂交水稻种质创新与基因发掘等多项研究。

2014年10月31日，朱英国院士工作站在鄂州东港村正式挂牌。

2017年8月9日2时51分，因病医治无效在武汉逝世，享年78岁。

朱英国坚持水稻雄性不育与杂交优势利用研究，二十世纪七十年代初利用华南普通野生稻与栽培杂交合作育成红莲型水稻不育系及红莲型杂交稻，二十世纪八十年代中期利用农家品种马尾粘中发现的败育株与协青早选杂交选育出马协不育系和马协型杂交稻。克隆了红莲型不育基因，发现并定位了红莲型恢复基因Rf5和Rf6；在水稻雄性不育的基础生物学方面形成了自己的特色。

红莲型杂交稻

朱英国及科研团队不断地把野生稻中生命力最顽强的基因，通过生物技术转移到亲本中，克隆了红莲型雄性不育与育性恢复基因，发现并定位了红莲型恢复基因Rf5和Rf6，提升了亲本质量，从源头保证种子的品质。朱英国选育的“红莲优6号”“珞优8号”，截至2008年种植面积达到2000万亩，每亩产量可达800公斤以上。

马协型杂交稻

朱英国及科研团队培育出新型不育系和选育杂交水稻新品种“马协A”，该水稻是马尾粘细胞质雄性不育系，突出特点是米质优，截至2008年在中国推广面积已超过2000万亩。

根据2021年10月中国工程院网站显示，英国先后合著有《水稻雄性不育生物学》等专著四部，发表研究论文160余篇，其中SCI收录33篇。

朱英国参与申请的关于水稻生产及杂交相关方面专利15项，以下为万方数据库收录部分专利：

根据2021年10月中国工程院网站显示，朱英国先后承担过国家863项目、国家转基因专项、国家和省级攻关项目、国家自然科学基金和省部级重点项目多项。    

根据2021年10月中国工程院网站显示，朱英国先后获得国家发明二等奖、湖北省科技进步一等奖等多项奖励。

截至2018年1月，朱英国先后培养了100多位硕士、博士和博士后。

朱英国推进“发育生物学”“植物与动物发育生物学”“遗传学”等学科建设；带头推动成立了杂交水稻国家重点实验室、“籼稻杂种优势研究与利用”农业部重点实验室、长江流域杂交水稻协同创新中心。

截至2018年1月，朱英国先后在全国建立了15个院士工作站，形成了杂交水稻研发和国家粮食安全保障的强大队伍矩阵。

2015年起，朱英国出现抵抗力下降、身体容易疲劳的症状，诊断为骨髓异常增生综合征。

朱英国是中国杂交水稻研究先驱者和杂交水稻事业重要奠基人之一，为中国粮食安全、杂交水稻种质创新、生命科学和生物技术人才培养做出了巨大的贡献。（《湖北日报》评）

朱英国是中国共产党党员知识分子的优秀代表，是爱国奋斗的时代楷模，是生动践行“四有”好老师要求的杰出榜样，在他身上集中展示了高校教师教书和育人相统一、言传和身教相统一、潜心问道和关注社会相统一、学术自由和学术规范相统一的时代风采。（中华人民共和国教育部评）

2008年，朱英国获得湖北省科学技术突出贡献奖（100万奖金）；把其中80万元将用于科研，20万元将开设一个水稻科研基金，发展水稻科研事业，奖励人才。

2015年4月16日，朱英国院士执教治学50周年座谈会举行。湖北省副省长郭生练，朱英国院士，校党委书记韩进、副书记骆郁廷，党委常委、总会计师应惟伟，党委常委、组织部部长赵雪梅，以及湖北省教育厅、科技厅、农业厅、长江出版传媒集团、高新技术产业投资有限公司，省委组织部、宣传部和学校相关职能部门负责人，企业、师生代表出席。

2017年3月18日，朱英国院士报告会暨院士传记赠书仪式在罗田一中举行。中国工程院、科学出版社、湖北省农业厅、省教育厅、省作协、罗田县等有关单位负责人以及朱英国家属参加活动。副校长谈广鸣出席并致辞。他还向罗田一中捐赠了10万元奖学金，激励学生们奋发图强，志存高远。