桨帆船最早作为军舰被早期的邻地中海强权——希腊人，伊利里亚人，腓尼基人，罗马人等使用，直到十六世纪仍有占优势的船型用于地中海的作战与劫掠。作为战船，桨帆船在它漫长的使用时期中携带过各式武器，包括撞角，射石机（投掷雨点状石弹的扭力投石机）以及舰炮（最早的舰炮由威尼斯共和国制造并使用），但它仍主要依靠在接舷战中投入大量战士来击垮敌舰。桨帆船是第一种将重型加农炮用作舰炮的战船。作为极其高效的浮动炮台，它们推动了中世纪海岸要塞的改良和战船的改进。

桨帆船在海战中应用伴随着诸如1571年发生的勒班陀海战——有史以来最大的海战之一——等战斗在十六世纪末到达顶峰。但在十七世纪后，桨帆船的海战地位被风帆战舰如三桅帆船和后来居上的混合动力战舰所取代。风帆战舰早在中世纪就已在大西洋被广泛运用于海战，在近现代随着殖民掠夺在加勒比海、菲律宾海及印度洋得到一定使用-主要用作追捕海盗的巡逻艇。在十六世纪中期桨帆船在波罗的海众多的群岛间的短途航程中得到断断续续的使用。在十八世纪在俄国瑞典和丹麦的海战中桨帆船得到了一定程度的复兴。