会上，只有主教和修会会长才有投票权，这样意大利人便在表决中占有多数，他们代表教宗的愿望，主张先讨论教义，后讨论改革；而西班牙主教们要求先改革教会，后规定教义。最后双方同意交替讨论教义和改革，但一切决议必须获得教宗批准，从而巩固了教宗在教会里的最高权威。会议关于教义的决议明确否定新教信仰，重申天主教基本教义和圣礼制度，谴责新教“因信称义”的神学观点和对圣礼的不同主张。会议完成的改革规定：在较大的城市里当众讲解《圣经》；主教必须讲道；教区神父必须清楚地向信徒讲解得救之道；神职人员必须常住任职地点，不得兼任数职。还下令开办神学院培养神职人员，对神职人员的道德表现加以更严格的监督。制定了禁止秘密结婚的条例。拟定禁书目录。会议的决议《特兰托会议信纲》被认为是天主教最重要的文献之一。