1887年1月13日出生，1903年考入北洋大学堂（天津大学前身），入校后习土木工程，成绩名列前茅。

1906年未及毕业被送美国深造，入哈佛大学攻读天文数学，获硕士学位。

1913年归国，历任南京商业学校教务长，教育部专门司司长、次长、代理部务，不久之后应北京大学之邀，任北大理科学长、大学院普通教育处处长，又先后掌教沪上各大学，出任国立东南大学校长。秦汾精擅数学，任教之余，勤于笔耕，先后著有《数学》《微积分》等多种著作。

1928年9月，应张孝若之邀任私立南通大学校董（1930年11月南通大学更名为南通学院）。

1929年，任南京国民政府财政部会计司司长兼主计处会计局局长，历经16个月完成预算法、会计法草案。后任财政部常务次长，组设财政鉴编纂处，搜集各地各类财政规章，叙其兴革始末，分别加以评判，历时三年，编撰数百万字，深为财经学界所推崇。