1517年，在父亲莫登庸没有篡位的时候，莫登庸为了与权臣陈真结亲，令莫登瀛娶陈真的女儿为妻。莫登庸通过战功逐渐掌握政权之后，1522年以黎昭宗的名义封莫登瀛为毓美侯，掌金光殿。1527年莫登庸篡位，建立莫朝；莫登瀛以长子的身份被册立为皇太子。

1529年，莫登庸以年老为由让位给了莫登瀛，自称太上皇，退隐到了宜阳县古斋的祥光殿，以渔为业，遨游自乐。莫登瀛遂即位，是为莫太宗。事实上当时后黎朝遗臣的势力非常大，莫登庸退隐到古斋时仍遥控着莫朝的朝政，其真正目的是为了为莫登瀛的外援。

1530年，清化人黎意自称后黎朝宗室的外孙，起兵于椰州，其父莫登庸领兵攻黎意于马漆江，莫朝军队屡战屡败，被迫退回升龙，留太师麟国公莫国桢防御。莫国桢又战败，黎意攻入西都城（今清化），声势大振。同年八月，莫登瀛进攻清化，会同莫国桢军在弘化江与黎意军队进行战争，但两次被黎意大败，莫登瀛被迫退回升龙。此战使莫朝闻黎意之名丧胆，但不久黎意骄傲而无备，在椰州被莫国桢突袭擒获，押回升龙车裂处死。其余党逃往哀牢（老挝），投奔后黎朝遗臣阮淦，使得阮淦的势力越来越壮大。