2021年1月20日，当选吉总统；

2021年1月28日，就任吉总统。

2021年5月5日，扎帕罗夫在吉尔吉斯斯坦首都比什凯克签署新宪法，新宪法即日起生效。根据新宪法规定，吉尔吉斯斯坦国家体制由议会制转为总统制，国家将设立具有协商和协调职能的人民代表会议，就国家社会发展方向等问题建言献策。同时，吉议会议员人数将从120人削减至90人。

扎帕罗夫先是签署了有关内阁的法令，解散政府；随后又签署法令，任命了内阁主席即总理、第一副总理、副总理和相关部委负责人，新的国家行政机构完成组建。按照总统令，新组建的内阁设有经济与财政部、国防部、外交部、内务部、生态与气候委员会等14个部和2个国家委员会。另外，内阁还下设财政调查局、知识产权与创新署等4个部门。

在签署新宪法后，扎帕罗夫发表讲话，他首先向近期在吉塔边境冲突中丧生的民众表示哀悼，承诺将尽快重建边境被摧毁的村庄农舍。扎帕罗夫还谈到国家政治、经济的问题，关注经贸领域和社会弱势群体，明确外交政策方向，并强调国民自我意识的重要性。扎帕罗夫还提出国家执法机构和军队的改革建议。

2020年10月20日，扎帕罗夫发表声明称，为了达到充实国家财政、追回通过非法途径流向境外的国家资产以及打造平等营商环境等目的，政府宣布将开展为期30天的经济特赦行动。

2020年10月19日，吉尔吉斯斯坦代总统扎帕罗夫接受了“俄罗斯-24”新闻频道的采访。他指出，吉尔吉斯斯坦是欧亚经济联盟和集体安全条约组织成员国，国家发展道路已经确定，吉方将同其他国家在平等基础上继续合作。“但最主要的战略伙伴是俄罗斯，我可以满怀信心地确认这一点。”扎帕罗夫强调，在地缘政治、军事、经济等领域，吉方都将继续发展对俄合作。

2021年10月23日，扎帕罗夫在首都比什凯克举行的新闻发布会上表示，吉尔吉斯斯坦领土上已经有一个俄罗斯的军事基地——坎特空军基地，这是根据集体安全条约建立的，吉尔吉斯斯坦不考虑在本国部署美国军事基地。

2021年2月24日，扎帕罗夫访问俄罗斯，与俄罗斯总统弗拉基米尔·普京在克里姆林宫举行会晤，双方讨论了俄吉两国在政治、经贸、人文等领域合作的前景及在欧亚一体化建设框架下相互协作等问题。

2021年9月1日，扎帕罗夫在首都比什凯克会见到访的集体安全条约组织秘书长扎斯，他在会晤时表示，吉方将把同集安组织其他成员国的合作置于重要地位并将该组织视为地区安全的保障。扎帕罗夫强调，为了应对本地区正在加剧的安全威胁和挑战，集安组织成员国必须进一步加强合作，提高应对潜在风险并对其做出快速反应的能力。

2021年9月16日，吉尔吉斯斯坦总统扎帕罗夫在塔吉克斯坦首都杜尚别会见中国国务委员兼外长王毅。

2022年1月5日，中国国家主席习近平同吉尔吉斯斯坦总统扎帕罗夫互致贺电，庆祝中吉两国建交30周年。

2022年2月6日下午，中国国家主席习近平在人民大会堂会见来华出席北京2022年冬奥会开幕式的吉尔吉斯斯坦总统扎帕罗夫。

2022年2月26日，俄罗斯总统普京与吉尔吉斯斯坦总统扎帕罗夫举行电话会谈。扎帕罗夫表示，基辅应对新明斯克协议的失败负责，并支持俄罗斯方面为保护顿巴斯平民而采取的果断行动。

当地时间2022年9月15日上午，中国国家主席习近平在撒马尔罕国宾馆会见吉尔吉斯斯坦总统扎帕罗夫。扎帕罗夫表示，愿同中方加强经贸、铁路、抗疫、安全等领域合作，深化吉中全面战略伙伴关系。

当地时间2022年12月8日，时任中华人民共和国国务院副总理胡春华在吉尔吉斯斯坦首都比什凯克会见扎帕罗夫。

2023年5月18日，中华人民共和国主席习近平在西安同来华出席中国—中亚峰会并进行国事访问的吉尔吉斯斯坦总统扎帕罗夫会谈。

2023年5月19日下午，中华人民共和国国务院总理李强在人民大会堂会见来华出席中国－中亚峰会并进行国事访问的吉尔吉斯斯坦总统扎帕罗夫。

2023年5月19日，全国政协主席王沪宁在北京会见来华出席中国－中亚峰会并进行国事访问的吉尔吉斯斯坦总统扎帕罗夫。

当地时间2023年10月12日，俄罗斯总统普京与吉尔吉斯斯坦总统扎帕罗夫举行会谈。

当地时间2023年10月25日上午，中国国务院总理李强在比什凯克会见吉尔吉斯斯坦总统扎帕罗夫。

当地时间2024年2月21日，俄罗斯总统普京在喀山会见了到访的吉尔吉斯斯坦总统扎帕罗夫。

据央视新闻，当地时间2024年4月19日，哈萨克斯坦总统托卡耶夫在阿斯塔纳与到访的吉尔吉斯斯坦总统扎帕罗夫举行会谈。双方签署了关于深化和拓展两国间联盟关系的条约。

2024年6月6日，中国—吉尔吉斯斯坦—乌兹别克斯坦铁路项目三国政府间协定签字仪式在北京举行，国家主席习近平、吉尔吉斯斯坦总统扎帕罗夫、乌兹别克斯坦总统米尔济约耶夫视频祝贺协定签署。

当地时间2024年7月3日下午，中国国家主席习近平在阿斯塔纳出席上海合作组织峰会前会见吉尔吉斯斯坦总统扎帕罗夫。

2024年8月3日，吉尔吉斯斯坦总统扎帕罗夫会见了正在对吉尔吉斯斯坦进行访问的欧盟外交与安全政策高级代表兼欧盟委员会副主席博雷利。

2021年5月9日，扎帕罗夫在比什凯克的胜利广场出席纪念伟大卫国战争胜利76周年庆祝活动。他带领内阁政府主要成员等向长明火敬献鲜花，并哀悼一分钟，纪念伟大卫国战争中的受难者。

扎帕罗夫向吉尔吉斯斯坦全国人民祝贺伟大卫国战争胜利，他强调，今天，我们怀着深深的感激和自豪的心情缅怀那些为了取得最终胜利而牺牲自己生命以及在后方付出巨大努力的人，他们用勇气、团结、英雄气概顽强夺取这场胜利，这也赋予我们更大的责任，维护国家和平与安宁，确保人民幸福的生活。

2021年6月17日，吉尔吉斯斯坦总统扎帕罗夫在首都比什凯克接受新华社记者专访。他在接受专访时说，“我要给中国共产党带领中国在建设和改革中取得的伟大成就打最高分。”扎帕罗夫表示：“中国是吉尔吉斯斯坦永远的邻居和朋友。我们为与中国建立全面战略伙伴关系感到自豪，并高度重视这种合作关系。”

2021年8月27日，扎帕罗夫在巴特肯州的阿卡地区，为由平高集团负责设计及整站设备集成供货的吉尔吉斯斯坦两座110千伏变电站剪彩。

2022年1月5日，扎帕罗夫与中国驻吉尔吉斯斯坦大使杜德文共同出席在比什凯克国家音乐厅举行的庆祝中华人民共和国与吉尔吉斯共和国建交30周年文艺晚会。

2022年2月3日晚，吉尔吉斯斯坦总统扎帕罗夫抵达北京，出席北京冬奥会开幕式及相关活动。这也是扎帕罗夫2021年1月就任总统后第一次到访中国。

2024年2月28日，中国驻吉尔吉斯斯坦大使杜德文与吉尔吉斯斯坦总统扎帕罗夫共同出席中吉合资汽车总装厂项目奠基仪式。

2024年6月27日，吉尔吉斯斯坦总统新闻局发布消息说，吉尔吉斯斯坦总统扎帕罗夫当天签署关于批准中国、吉尔吉斯斯坦和乌兹别克斯坦政府间共同推进中国—吉尔吉斯斯坦—乌兹别克斯坦铁路项目合作协议的法律。

2013年10月7日，扎帕罗夫在伊塞克湖州卡拉科尔市组织集会，一些参与者将时任该州政府全权代表埃米尔·卡普塔加耶夫劫持为人质。

2017年3月25日，扎帕罗夫在吉尔吉斯斯坦与哈萨克斯坦边境被捕，并被提起诉讼。同年8月2日，法院以绑架罪判处扎帕罗夫11年零6个月监禁。此后，他的支持者曾多次在比什凯克的阿拉套广场举行集会，要求政府释放扎帕罗夫。

2020年10月6日清晨，示威者闯入监狱，释放了包括扎帕罗夫在内的数名反对派成员。同日，吉尔吉斯斯坦最高议会投票通过任命扎帕罗夫为代总理。

2021年10月12日，萨德尔·扎帕罗夫当天签署法令，宣布解散政府。解除了政府总理马里波夫的职务，并任命阿克尔别克·扎帕罗夫为代总理。其他政府内阁成员也已被解职。

2021年7月23日，扎帕罗夫在首都比什凯克接种了中国新冠疫苗。