文治二年（1186）镰仓方面送来了源赖朝的书状，“御馆乃奥六郡之主，予乃东海道惣官，宜成鱼水至好。”劝说奥羽向朝廷供奉黄金马匹时应当通过镰仓转呈，此举的目的是为了将奥羽藤原纳入到镰仓的管辖之下。为了避免与镰仓发生直接的冲突，秀衡满足了赖朝的要求。然而翌年二月源义经落魄来投的时候，藤原秀衡顾念昔日的情分，还是将义经安置在了平泉附近的衣川之馆。或许在秀衡心中，已然了悟奥羽和镰仓之间终有一战了吧。

关东的主宰源赖朝和北方的王者藤原秀衡，就仿佛青龙与白虎，耽耽而对，互相掂量着对方的肌肉力度，默默等待着合适的时机。京都的朝权王族，心思蠢蠢，有所期望，可惜实力不济，只能添油加醋地在一旁鼓噪着一些无意义的话语。

漫天乌云笼罩了东北广大的土地，秋风飒飒拂掠，奥羽百年安详的和平岁月眼见即将成为镜花水月。

文治三年（1187），源赖朝行文平泉，要求藤原氏将朝廷叛逆源义经绑缚递京，以正典刑，否则将视以同谋。对于这样的虚言恫吓，藤原秀衡自然是一口回绝。东北藤原一族，世据奥羽二州，养兵十七万，盔甲鲜明，威震海内，这样雄厚的实力绝非因为连年战乱而破败凋敝的关东所能轻易小觑的。或许，在藤原秀衡的心中，拥立源义经以为号召，率领十七万铁骑如同水银泻地一样汹涌西向，收拾破碎山河，重归一统也不是不可能的事情。再不济的话，至少也应该能够谨守家业，维持住奥羽割据的现状吧。

然而当年十月，踌躇满志的藤原秀衡便一病不起了，将死之时，秀衡召集诸子，奉源义经为大将军，举国听命，再以嫡长子藤原泰衡继任陆奥押领使。藤原秀衡既薨，支持奥羽那一片明媚天空的擎天巨柱颓然倾倒，不详的尘埃弥漫四野；世人都明白，奥羽百年来安宁闲适的生活已经屈指可数了。

听闻秀衡的死讯，源赖朝屡次上书京都，求乞法皇的院宣，借朝廷的权威来压迫藤原泰衡，强令他交出源义经，以绝人望。藤原泰衡刚刚继任，人心彷徨，尚未归附；他既惧怕镰仓趁机发兵讨伐，又担心源义经横夺兵权，威胁到他奥羽主宰的地位。泰衡有心铲除源义经的势力，又害怕因此引起家中的叛乱，越发不可收拾。毕竟尊奉先主秀衡遗命而听令于源义经的臣子也不在少数，其中又以弟弟藤原忠衡与赖衡侍奉源义经最为恭谨。不知不觉奥羽藤原氏已经悄然瓦解，眼见仰慕源义经风采而归附衣川之馆的藤原子弟日增，困居平泉馆的藤原泰衡只能如野兽般徘徊。

文治五年（1189）二月，藤原泰衡杀害了亲近源义经的六弟赖衡。四月源赖朝向京都朝廷上书，求取院宣以讨伐奥羽藤原氏。出于平衡诸势力压制镰仓的目的，后白河法皇拒绝了源赖朝的请求。但是为了安抚赖朝，法皇正式颁下了追讨源义经的院宣。随同院宣一起被送往奥羽的，还有源赖朝亲口允诺之交出源义经以后藤原氏能够得到的种种优厚条件。

藤原泰衡终于下定了决心，闰四月三十日派兵五百骑突然袭击源义经居住的衣川馆。源义经及其部众寡不敌众，微弱的抵抗旋即被粉碎，鹫尾经春等众多郎党逐一战死。当平泉的军兵即将踏入衣川馆时，源义经在持佛堂中亲手杀死了跟他一起跋涉北路逃亡陆奥的妻子河越氏，自戕而死，时年三十一岁。

之后藤原泰衡命人将源义经的头颅浸泡在美酒之中，漆函盛之送往镰仓。六月十三日于镰仓郊外的腰越驿，时任镰仓侍所正副主官负责御家人事务的和田义盛与梶原景时仔细检视了源义经的首级。不过历经四十余天暑热的天气，沉醉在美酒中的义经之首级已经不复昔日俊朗的神采，变成了一堆令人作呕的腐肉，即便是与之熟识的和田与梶原也无法辨认出曾经一起并肩讨伐六波罗平家的九郎判官。

文治五年（1189）六月二十五日，镰仓上书朝廷乞请讨伐藤原泰衡。这一次，京都的朝廷意料之中地失声了。与六波罗平家以及旭将军源义仲不同，平泉对待朝廷的态度一向敬服；只要不去触动他割据的本质，名义上的朝觐和供奉极少缺失。并且在后白河法皇心中，奥羽的强兵已经是他唯一可以用来制衡镰仓的救命稻草了。京都于是回书说源义经既已伏诛，天下略定，宜与民休息，据否了镰仓的请求。

没有朝廷认可的敕令，讨伐奥羽就会变成一场缺少大义名分，师出无名的私战；镰仓虽然向天下诸国发出了武者征集的总动员令，然而会有多少武士听令围聚到源氏的旗下呢。前九年战役中先祖源赖义征讨陆奥安倍氏的时候，因为被判定为私战而失去朝廷认可的大义名分，陷入苦战险险覆灭。此间旧事仿如昨日，正是源赖朝不得不审慎从事的原因所在。有所犹疑的源赖朝问计于左右，老将大庭景义对曰：“军中但闻将军号令，不从天子诏书。”赖朝闻言大喜，重重地褒奖了景义。

诸国兵马麋集镰仓，七月十九日，猛将畠山重忠作为前锋率领一千骑整装出发，讨伐奥羽藤原氏的战役于焉开始。随后诸军分三路进发，左路比企能员、宇佐美实政带队走北陆道。右路千叶常胤、八田知家带队走东海道。中路源赖朝自帅诸将，带队走东山道。车辚辚，马萧萧，总兵力号称二十八万，实为旷古未有的庞大军势。三路强兵有如泰山压顶，直指平泉馆包抄而去。诸道各国豪杰武人一路加势，旗帜鼓吹，不可胜数。

平泉馆这边，袭杀源义经的余波远没有平静。义经的首级被送往镰仓后不久，藤原泰衡再次诛杀了支持源义经的异母弟藤原忠衡。肃清不遵号令的内部之敌以后，泰衡终于能够自血泊中抬起头来，集合起纷乱的人心，腾出手来面对外患。只是此刻，他的对手已经放下温和的面具，露出了狰狞的本像。

八月，藤原泰衡命令庶兄藤原国衡以及悍将金刚别当秀纲率军两万在陆奥国阿津贺志山筑起坚城固守，自领本阵屯兵国分原以为后援，又令秋田三郎致文前往出羽国抵御镰仓支路的进击。

文治五年（1189）八月七日，镰仓大军抵达陆奥。当天夜里先锋畠山重忠带领军夫趁着夜色掩护连夜填平阿津贺志山前的沟堑，清除了进攻的障碍。

八月九日藤原国衡被畠山重忠郎从斩杀。

藤原国衡死后，奥州军队集结于根无藤拒战，镰仓方的安藤四郎诸将连番攻击，奥州军抵挡不住，彻底崩溃。驻扎在国分原的藤原泰衡听闻前军失利，落胆之下，弃军而走，数万大军瞬间离散。此后奥州军队再无统率，终至败亡。

文治五年（1189）八月二十二日，藤原泰衡放火灼烧平泉馆。

天明时分，源赖朝进入几成废墟的平泉馆，征召留下的藤原各支族，以藤原泰衡外祖父藤原基成为首诸人皆表降服。逃亡途中的泰衡困窘无措，派人送书信给赖朝，言词恳切，惟乞一命。源赖朝无意放过穷途末路的泰衡，分兵大搜。九月，追至比内郡，泰衡望风而走。源赖朝列本阵于阵冈，攻略出羽的比企能员、宇佐美实政前来汇合，镰仓部众号称三十万，气势如虹，势不可挡。藤原泰衡无奈，决意奔虾夷岛（北海道）而去，行至贽栅，其部将河田次郎谋叛，袭杀泰衡，时年三十五岁。