吉林省长春铁路运输中级法院于2014年9月经最高人民法院批准设立，为吉林省高级人民法院所属的专门法院，下辖长春、吉林、通化、白城、图们五个铁路运输基层法院，是全国18个铁路运输中级法院中辖区基层法院数量最多的中级法院，两级法院共有政法专项编制186名。

2015年1月12日，吉林省高级人民法院、长春铁路运输中级法院与辽宁省高级人民法院、沈阳铁路运输中级法院签订《关于案件管辖及相关工作交接协议》，自2015年1月1日起，长春铁路运输中级法院正式受理辖区内按照级别管辖应当由中院审理的一审刑事、民事、执行、审判监督案件及辖区基层铁路法院上诉案件。

2022年9月26日，吉林省高级人民法院召开新闻发布会介绍，在长春铁路运输中级法院设立长春环境资源法庭，并指定11家法院对吉林省环境资源案件进行跨区域管辖，开展吉林省环境资源“1+10”案件管辖机制改革。