马时芳出身于书香门第。父亲是个小官吏，他14岁时便随父亲住在江西临漕县署中，就学于王宜震门下，开始接受儒学的启蒙教育。父亲任满后，他又随父返回故里，博览儒家经典，但终无大益。年近弱冠之时，他对李绂的《陆子学谱》、孙夏峰的学生赵御众的亲笔遗稿潜心钻研，逐步形成了自己的理论和主张。

乾隆四十八年（1783年），马时芳22岁，考中乡试副榜，但以后屡试不中，嘉庆十二年（1807年）试卷被房官横抹，非常愤慨：“我偏偏不求文章中试官，只求文章中天下！”乃作归诗，绝意进取。十九年（1814年）受封丘教谕，道光七年（1827年）任巩县教谕，此时已是66岁。

道光十七年（1837年），马时芳病卒于巩县寓所，时年76岁。

马时芳生卒年为清代中期，比撰写《南北书派论》、《北碑南帖论》的清代书法理论家阮元早三年。此时因碑学理论还在酝酿期，《广艺舟双楫》书论还没有问世，碑派书法还没有发端，稍有书法常识的人不难发现，马时芳的书法作品属帖学作品，并且为师法“二王”兼“欧赵”等所创作的合乎当时审美理念的作品，主要以“二王”为主。其作品为行草书，行书多师法《兰亭序》、《圣教序》等，而偶有草书之体的为师法王羲之的《十七帖》，其书法作品为中锋用笔，苍劲有神，灵动且显现了个人风格。