从漕运方面考虑，元朝非常重视对于河道的保护河管理。

其一，设立漕运司管理河道和漕运事务。至元二十年八月，济州新开河通航后，设置济州漕运司，管理运河河道以及漕运事务。到至元二十四年十月，元朝进行整体规划，在淮河以北设置京畿、济宁两都漕运司，撤销济州漕运司，由济宁都漕运司“并领济之南北漕，京畿都漕运司惟治京畿”。元朝“每岁省、台差人巡视”，解决河道上出现的问题。

其二，修筑河堤，建立河闸以调节水位。为保障运河的畅通，元廷在河堤、水源等方面做了大量工作。济州河是有名的闸河，河段地形起伏较大，元朝多次修筑堤坝，增建闸堰、斗门。济州“临齐鲁之交，据燕吴之冲”，元朝在这里“道汶、泗以会其源，置闸以分其流”。在济州河水源汶水、泗水、沂水、洸水等河流上游及济州城南，置会源等八座闸臿；济州河南济宁到沽头（今江苏沛县境）地势相差116尺，置闸10处以调节泗水中游河段的水量。东阿至临清地势相差90尺，立闸16处，调节会通河水量。至元二十八年，改建了济州闸城坝，并将兖州城东门外土堰改为永久性石坝。延祐四年（1317年），又在兖州滚水石坝上开闸门，建成金口坝。经过这些后期工程，水源得到改善，各处闸臿根据运河水量及两岸水流情况定时启闭，调节水位，便于通航。

其三，保护河堤，疏浚河道。元朝非常重视保护运河两岸的河堤，专门派人巡视、防守和维修。规模最大的一次在至治元年（1321年）。时任都水监丞的张仁仲来到济宁，主持对济州河道疏浚，“凡河之溢者辟之，壅者涤之，决者塞之。拔其藻荇，使舟无所底；禁其刍牧，使防有所固。隆其防而广其阯，修其石之岩陁穿漏者，筑其壤之疏恶者，延袤赢七百里。防之外增为长堤，以阏暴涨，而河以安流。潜为石窦以纳积潦，而濒河三郡之田民皆得耕种。又募民采马蔺之实种之新河两涯，以锢其溃沙。北自临清，南至彭城，东至于陪尾，绝者通之，郁者斯之，为杠九十有八，为梁五十有八，而挽舟之道无不夷矣”。

其四，限制超大船体通行。济州河水量有限，特别是在枯水时期，水源更为紧张。为了使河道能够正常运行，除了以闸门调节水位外，元朝限制大船通航。最初“止许行百五十料船”，但“权势之人，并富商大贾，贪嗜货利，造三四百料或五百料船，于此河行驾，以致阻滞官民舟楫”。延祐二年（1315年），中书省及都水监差官经过勘察以后，于“沽头闸上增置隘闸一，以限巨舟”，又在临清河道上“亦置小闸一，禁约二百料之上船，不许入河行运”。

元人对于济州河的开凿给予很高的评价。延祐二年二月，中书省官员称，“江南行省起运诸物，皆由会通河以达于都”。泰定四年，御史台一份奏章中也提到：“自世祖屈群策，济万民，疏河渠，引清、济、汶、泗，立闸节水，以通燕蓟、江淮，舟楫万里，振古所无”。济州河的开凿对于南北交通以及周边地区经济文化发展起到十分重要的作用。

济州河的开凿和南北大运河的贯通，大大便利了全国物资的转运，促进南北经济文化的交流，特别是南方粮食和其他物资大量输往北方。至元后期，通过济州河的江淮漕米每年多达三十多万石。至元二十三年，元廷“增济州漕舟三千艘，役夫万二千人”。此后，通过运河转运漕粮的数目不断上升。南方物资源源不断地输送到北方地区，通过运河，“江淮、湖广、四川、海外诸番土贡、粮运、商旅贸迁，毕达京师”，海运兴起后，朝廷漕粮主要依靠海船解决，但民间所用粮食则主要通过运河转运。至元二十九年，元朝御史台一份文书中提到，“大都里每年百姓食用的粮食，多一半是客人从迤南御河里搬将这里来卖有。来的多呵贱，来的少呵贵有”。当时南北大运河上十分繁忙，交通十分拥挤。元朝后期，两淮转运使宋文瓒还说，“世皇开会通河千有余里，岁运米至京者五百万石”。明清时期的大运河就是在此基础上进行改建、扩充的。明清漕运主要借助大运河，通过运河漕运粮食数量超过元朝官方漕粮的十倍以上。明人陈邦瞻说，会通河（包含济州河）为“元人始创为之，非有所因也。元人为之而未大成，用之而未得其大利，至国朝益修理而扩大之。前元所运，岁仅数十万，而今日极盛之数，则逾四百万石焉，盖十倍之矣”。

济州河的开通，推动了会通河与通惠河的兴建，从而彻底改变了大运河迂回曲折的河道。新开通的大运河全长3000余里，比隋代大运河缩短900公里，促进了南北之间的交通。济州河通航后，元朝随即调整驿路。至元二十年八月，开通了大清河北岸东阿到御河到的驿道，“立东阿至御河水陆驿，以便递运。徙济州潭口驿于新河鲁桥镇”。到达安山以后可转入东阿到御河的驿道，而从东阿过大清河以后可以转入济州河沿岸水驿，继续沿运河南下。十月，元朝规定前往江南地区人员，一律从由鲁桥乘船南下，“使臣无急务者，从此一站令由水驿”。此后，元廷在运河地区增设驿站，添置船只和马匹，以供官员和使臣往来。据《永乐大典·站赤》记载，至元二十三年九月，中书省委派“兵部员外郎添置宿迁、吕梁、沛县、济州至东阿水站，每一大站，置五十料船五十艘，递运物货，远者相去二百余里。两大站之间，又立二小站，各置二三十料船六七艘，远者相去八九十里。近者六七十里”。济宁路就设有驿站十处，其中马站七处，有马三百四十七匹；水站三处，有船二百四十四只。济州站有马九十匹，鲁桥站有马六十匹。特别是济州成为当时交通枢纽，“当水陆要冲，侯藩朝觐，要甸贡赋，舟车相望”。运河沿线交通极为方便，“自大都给驿至通州倒换站船，经由清州、长芦、陵州、临清、济州等处至于建康，仅及月余”，“通惠、御河、会通等水南北通贯，江淮河海达乎京城”。当时运河交通便捷，是南北交通的大动脉。

济州河的通航，促进周边地区经济的发展和商业繁荣。济州治所任城，很快成为运河上繁华城市。元人赵孟頫作《济州》写道：“旧济知何处，新城久作州。危桥通去驿，高堰裹行舟。市杂荆吴客，河分兖泗流。人烟多似簇，聒耳厌喧啾。”曾经沿运河南下到扬州做官的意大利马可波罗在其“游记”描写了济州沿岸以及济州河周围地区的繁盛景象：“离开济南府，向南走三日，沿途经过许多工商业兴盛的大市镇和要塞。这里盛产鸟兽等猎物，并出产大量的生活必需品”。接着他又写道：“第三日晚上便抵达济宁，这是一个雄伟美丽的大城，商品与手工艺制品特别丰富。所有居民都是偶像崇拜者，是大汗的百姓，使用纸币。城的南端有一条很深的大河经过，居民将它分成两个支流，一支向东流，流经契丹省，一支向西流，经过蛮子省。河中航行的船舶，数量之多，几乎令人不敢相信。这条河正好供两个省区航运，河中的船舶往来如织，仅看这些运载着价值连城的商品的船舶的吨位与数量，就会令人惊讶不已。