香美郡土豪野中、五百藏等家族，援护长宗我部元亲本阵退往神田城休整集结。第三天也即十八日卯时（凌晨6时），元亲重整旗鼓，离开神田城驰向前线，在鸭部的宫前地方，与也几乎同时杀出朝仓城的本山茂辰军遭遇。战斗持续到酉时下刻（傍晚7时），经过三十余回合的交锋，长宗我部军终于获得了胜利。本山军战死武士三百四十三名，茂辰被迫放弃朝仓城，退归居城本山。两年后（1564年），本山茂辰去世，新家督亲茂迫于长宗我部氏越来越强的压力，于永禄十一年（1568年）前往冈丰城投降。就这样，长宗我部元亲终于消灭宿敌本山氏，把整个土佐郡都纳入了掌握之中。

永禄十二年（1569年），长宗我部元亲又发兵安艺郡，先后攻下新庄、穴内等城，直取安艺城。由于安艺氏谱代家臣的内应，很快城破，当主安艺国虎安排儿子千寿丸逃去阿波，又把夫人送回娘家一条氏，然后自杀，安艺氏灭亡。

本山和安艺两个家族的灭亡，燃起了长宗我部元亲的熊熊野心，他不顾弟弟吉良亲贞的劝阻，开始向西进发，准备向大恩人一条家下手。这时候一条房家早已去世，当主为其重孙一条兼定，一个整天沉溺于酒色之中的无能家伙。随着长宗我部势力的逐步入侵，一条氏属下的城堡纷纷变节。终于，再也无法忍受当主所为，并且恐惧暗淡前途的家臣们，在老臣土居宗珊的带领下，追放兼定，改立兼定之子，同时也是长宗我部元亲的女婿一条内政为新家督。兼定凄凄惶惶地逃到九州，去依靠自己的岳父、丰后国主大友宗麟，宗麟要他静待时机，以图再举。

时机终于到了，因为长宗我部元亲借口一条内政谋反，杀死内政，而把自己的弟弟吉良亲贞分封在原一条氏本城中村，打算完全吞并土佐国幡多郡，于是天正三年（1575年），受到丰后大友氏支持的一条兼定进入伊予国，立刻得到当地豪族法华津播磨守、御庄越前守等人的支持，集结一千七百多兵马，南下土佐。

一条兼定纠合旧臣，重构名城栗本，然后在四万十川西岸一带，筑乱杭、逆茂木等砦，布置了三百支铁炮，以防备长宗我部氏的进攻。一条氏复兴的速度实在太快，长宗我部元亲一下子蒙住了，没能及时拿出对应的策略。不久后，兼定完全控制了幡多郡西部，兵力上升到三千五百。他进攻长宗我部方的敷地城，守将敷地相模不敌而走，逃到盐冢城后自杀。

长宗我部元亲终于统合了七千三百大军，离开本城冈丰，进入中村城。两军在四万十川东西岸布列阵势。元亲把全部兵力分为两个部分，一队主攻，一队佯动，以迷惑敌军。一条军果然中计，拔阵而行。趁此时机，元亲亲自统帅本队从四万十川上流浅滩横渡，直插一条军侧翼。一仗下来，一条方武士被讨取二百余名，全线崩溃。三日后，栗本城也被攻落，一条兼定逃亡中被家臣所杀。至此，长宗我部元亲完全统一幡多郡，也同时完全统一了土佐国。

统一土佐以后，长宗我部元亲的下一个目标是伊予国，伊予最大的势力是西园寺和河野两个家族。西园寺氏是藤原北家的名门出身，到西园寺实充这一代，所领规模最大。实充传子公高，公高在和豪族宇都宫氏激战的时候战死于飞鸟城下，实充之弟公宣继承了家督之位，又传给公广。西园寺公广一辈子都在和河野氏、大友氏、毛利氏、一条氏和长宗我部氏争战不休，家族越来越是衰弱，终于灭亡在部下武将的叛乱之中。

河野氏出自越智氏，从源平争战时代起就是伊予的强大国人势力。应仁之乱的时候，这一家族也是唯一扎根四国的西军势力。但等传到河野通直做家主的时候，河野氏也已经在大友氏和毛利氏的反复攻击下衰弱了。通直想把家督之位传给同族村上水军的来岛通总，遭到家臣反对，只好传位远支的河野通宣。最终，河野氏也和西园寺氏一样，拜倒在长宗我部元亲统一四国的脚步前。

传言，祖先是大名鼎鼎的中国第一位皇帝---秦始皇的后代。秦始皇统一中国后，其子孙弓月君东渡到日本，并定居山城国开创东瀛秦氏一族。到了修建京都广隆寺并移居信浓国的秦河胜一代时，这一族开始有了

正式记载。到第二十六代能俊时移居土佐长冈郡宗我部乡，并改姓为宗我部氏。但是临近的香美郡宗我部乡亦有宗我部氏，所以为了区分。能俊一族称长宗我部氏，另一族称香宗我部氏。应仁之乱爆发后，土佐守护细川氏一心上洛而无暇顾及领国。长宗我部氏趁机大肆扩张，一举确立了以长冈郡冈丰城为中心的土佐七雄之一的地位。从四十一代家督文兼开始，长宗我部家拥护一条教房、房家父子转战，因此又扩大了势力。这引起了土佐其它豪族的敌视。永正五年，本山、山田、吉良、太平等势力联合进攻长宗我部氏的冈丰城，不久城落，家督兼序战死。兼序之子国亲逃到中村城受一条房家的庇护。在一条家的帮助下，国亲在14岁时夺回了冈丰城，此后依次灭掉天竺、山田、国沢等势力，弘治二年（1556），在长子元亲的活跃下大败本山氏，国亲去世后，元亲继任家督。他不但消灭了本山氏、安艺氏等土佐势力。还将长宗我部氏带到了一个称霸四国的辉煌时期。

总体来说，长宗我部氏源自上古的归化人中自称秦始皇子孙的一支是通行的说法，但是各种资料在细微处却存在着不同之处。

太田亮在《姓氏家系大辞典》中提出长宗我部氏是苏我氏的部曲——宗我部氏的后裔，由于居住在土佐国的长冈郡内，所以称为长宗我部。这一说法也为海音寺潮五郎在其名作《武将列传》中《长宗我部元亲》中所吸收，海音寺将其与长宗我部氏的“秦氏说”糅合在一起，海音寺观点的大体内容是：上古的大族苏我氏与在文化上具有特殊才干的秦氏关系密切，秦氏也得赖苏我氏的庇护和支配而发展，后来秦河胜的子孙成为了苏我氏在土佐地方的首领，居住在长冈的一支就以长宗我部为苗字，而居住在香美郡的一支则以香宗我部为苗字。土佐国的宗我部氏共有两支：一支是长宗我部氏，另一支则是香宗我部氏。两支虽然都以宗我部为苗字。但是，两支源出却是截然不同。香宗我部氏的氏源是清和源氏义光流一条氏流，义光的三代孙、甲斐武田氏的始祖武田信义之子次郎忠赖以一条为苗字，忠赖之子秋通则又改苗字为中原。其后因为勋功受任香美郡宗我部乡和深渊乡的地头，于建久四年（1193）从甲斐迁移过来，遂以香美郡香宗城为主城，定居土佐。后改苗字为宗我部，又为了区分长冈郡的那支宗我部氏而改称香宗我部氏，而其家纹却一直沿用了象征着武田一族的割菱。

要说到长宗我部氏的“秦氏说”就必须先简略说明一下秦氏，秦氏是所谓秦始皇的子孙弓月君远渡日本流传下的一支，是日本古代所谓“归化人”中最有力的氏族，其分布以畿内为中心，东至关东常陆、下野，西至北九州的筑紫一带，遍布各处，一族繁衍发展很是繁荣。《三代实录》中“元庆七年十二月二十五日”条中记载，秦宿弥永原等男女十九人被赐予惟宗做为姓氏，永原等自称是秦始皇十二氏孙功满王和其子融通王的后代。《史料集览》中的《长宗我部谱》中提出长曾我部氏的始祖最早是在伊势桑名登陆日本，在桑名居住了一段时间之后迁移至土佐国本山乡。

一般日本史学界比较认可的说法是秦始皇的十二世孙功满王和其子融通王在仲哀朝、应神朝之时归化，普洞王在仁德天皇之时受赐波多姓，至推古天皇之时秦河胜受领山城国葛野郡，其后河胜的后裔移居至信浓国更级郡小谷乡，当地的稻荷山治田神社就是这支秦氏祭祀之处，就这样一直以更级郡小谷乡为本处定居繁衍直至平安末年。其后秦能俊在承久之乱时举族迁往了土佐国长冈郡宗部乡。宗部乡位于物部川和国分川的下游的香长平野，自古就是土佐国的先进地带，古代的国府也设立在此。其西南面的江村乡，东南面的筱原乡、大曾乡也是天然的富庶之地，这样的自然条件对于宗我部氏的发展有着重要的影响。根据《南海通记》中记载，能俊在迁移至宗部乡后即以曾我部为姓，治承四年（1180），源希义在土佐举兵呼应源赖朝，宗我部氏跟从着香美郡的豪族夜须行宗响应希义。希义是赖朝之弟，在平治之乱之后被流放至土佐国介良庄。最后希义受到平家的攻击而败死。

虽然诸说纷纭，而且多有抵牾，但是可以肯定是长宗我部氏是在镰仓时代之际由信浓迁移至土佐而成为当地的地头豪族的。

现任当主为岛亲益系十七代的长宗我部友亲。目前，长宗我部氏在日本只有三四十余人。

2010年，对于高知县是极具历史性的一年，土佐两大名门长宗我部家与山内家于关原合战结束410年后在观众的注视下握手，标志着两家正式和解。长宗我部氏当主长宗我部友亲还与土佐山内氏当主山内丰功共同拜访了时任高知县知事的尾崎正直。