这座建筑由新鸿基地产及香港基督少年军联营兴建及构思，模仿《圣经》所记载的诺亚方舟，并参考各种相关历史文献资料，是全球第一项建造仿诺亚方舟的工程。方舟楼高5层，地下设有一个多媒体展馆，展示各个主要的《圣经》历史故事，包括大洪水与诺亚方舟这个传说，亦设有一个创意科学教育中心以及电影院。上面的楼层则设有旅舍，提供296个床位，还有基督少年军总部综合大楼、办公室、训练中心、多用途活动室、室内活动设施、各基督教团体之办公室、营舍及餐厅等设施。

[动物花园]

花园设于诺亚方舟附近，展出约200种史前及濒危动物的塑像及介绍。

[大自然公园]

这个设施在主题公园中央的山头，由六个特色花园组成：

·芒蕨花园

·野兰花园

·杜鹃花园

·香港花园

·东澳花园

·南美花园

每个花园各有自己的主题，以不同品种的树木和花卉衬托出不同特色，组成一个大花圃。发展商预计这公园将会成为新婚夫妇的拍照热点。

[太阳馆]

公园内的太阳馆是东南亚第一个民用太阳馆。这座天文常识科学馆设有一座太阳望远镜，供游人观察太阳表面活动，例如黑子、日珥及磁力光等天文现象。

除了以上的主要设施，公园第一期的其他设施还包括：

·“生命旅程”游乐设施

·再生能源设施示范

·山顶观景台

·马湾历史博物馆

·多用途表演场地

·蝴蝶屋

·仿古古迹村落

·户外训练中心

·2个篮球场

·旅游风物及景点区

·湿地及环境保育区

·生态保育径

·水上活动中心

·商业大楼

·消防教育中心及博物馆

而公园第二期初步会以马湾渔村为主要主题，目前尚未有详细具体方案。

[支持观点]

马湾主题公园将会是继香港海洋公园后的第二个本地主题公园，而且有很大的教育意义，能吸引香港市民一家大小前往参观，给香港市民多一个休闲旅游设施。公园亦有助带动香港的本土经济，制造不少就业机会。而这个具特色的主题公园，亦预计将吸引不同口味游客到访香港。虽然附近的大屿山竹篙湾已经有香港迪士尼乐园，但大众普遍认为这样可以相辅相成，使那一带成为一个多景点的旅游区。

[反对观点]

就马湾主题公园兴建诺亚方舟，香港社会上有人提出意见，担忧其主题渲染神怪迷信，破坏科学教育。反对人士更已设立网页收集签名，并要求新鸿基地产集团在此乐园显眼地方，标明乐园内容属于神话而非科学范畴等论点。

除了新鸿基地产的马湾主题公园外，马湾南部尚有一块占地12公顷的土地预留给另一个主题公园。2001年，有财团在新鸿基地产的支持下，曾经提出于该地发展一个称为香港雪乐园的计划，主要为一个东南亚唯一一个的室内综合滑雪场馆。项目原定于2001年11月开始动工兴建，但因新鸿基地产突然撤回支持而须停止计划。2004年8月，香港政府将土地重新招标，只有包括香港雪乐园在内的两间公司投标，但最后政府却不接纳所有入标标书。而有关土地则仍然空置。由那时起至今，土地的发展及香港雪乐园的计划一直未有下文。

2008年由康乐及文化事务署主办的2008最佳园林大奖中，获得以下奖项：

园景设计奖（非住宅物业组）－ 卓越大奖

园景设计奖（非住宅物业组）－ 金奖

园艺保养奖（非住宅物业组）－ 金奖